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欢迎来到“circRNA研究汇总”栏目，本栏目将为您带来circRNA领域的最新研究成果。本期我们精选了15篇最新文献，涵盖了circRNA的基础研究、功能探究以及与疾病的关联。请您紧跟circRNA研究的步伐，共同洞悉科研前沿的最新动态！
检索式：(circRNA[Title/Abstract]) OR circular RNA[Title/Abstract]
01 利用CLiPPR-Seq技术对mRNA相互作用环状RNA进行全局鉴定
标题：Global identification of mRNA-interacting circular RNAs by CLiPPR-Seq
杂志：Nucleic Acids Res
影响因子：14.9
通讯作者：Amaresh C. Panda（印度生命科学研究所）
DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gkae058
尽管环状RNA (circRNA)与microRNA和蛋白质相互作用的功能已经被广泛研究，但在完整细胞中，环状RNA与蛋白质编码mRNA的相互作用在很大程度上仍然未知。作者利用AMT介导的RNA-RNA双链交联，然后进行环状RNA富集和深度测序，报道了一种新的交联Poly(A) Pulldown RNase R sequencing (CLiPPR-seq)技术，该技术在三种不同细胞类型(包括βTC6、C2C12和HeLa细胞)中鉴定了数百种与mRNA相互作用的环状RNA。
此外，作者还使用未经RNase R处理的CLiPP-seq来鉴定这些细胞中的mRNA表达。将CLiPPR-seq样品中的circRNA与CLiPP-seq样品中的mRNA进行BLAST分析，确定它们潜在的circRNA-mRNA相互作用的互补序列。环状RNA和poly(A) pulldown证实了环状RNA与靶mRNA的直接相互作用。沉默mRNA相互作用的circRNAs改变了βTC6细胞中靶mRNA的表达，表明circRNAs与mRNA的直接互作起基因表达调控的作用。由此可见，仍存在许多可能调节基因表达的未鉴定circRNA-mRNA杂交体，而CLiPPR -seq是一种用于鉴定和研究这些circRNA-mRNA杂交体新方法。
通过AMT交联，Poly(A) Pulldown，RNase R处理和测序鉴定与mRNA互作的circRNA
02 RNA成环性对靶标导向的microRNA降解的影响
标题：Influence of RNA circularity on Target RNA-Directed MicroRNA Degradation
杂志：Nucleic Acids Res
影响因子：14.9
通讯作者：Damián Refojo 和Manuel de la Mata（布宜诺斯艾利斯生物医学研究所；阿根廷布宜诺斯艾利斯大学）
DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gkae094
一部分环状RNA (circRNAs)和线性RNA被认为有“分子海绵”功能或能阻断microRNA的活性。此外，某些RNA通过靶标导向的microRNA降解(Target RNA-Directed microRNA Degradation, TDMD)过程诱导microRNA降解，但尚未明确线性和环状转录本驱动TDMD过程的机制是否相同。作者研究了内源性和人工合成RNA靶标的环状/线性拓扑结构是否影响TDMD。与之前关于Cdr1as (ciRS-7)环状RNA保护miR-7免受Cyrano介导的TDMD的研究结果一致，作者证明Cdr1as的损耗会降低miR-7的丰度。相反，人工合成线性Cdr1as的过表达会驱动miR-7降解。作者使用最少同源线性RNA共表达的circRNA表达载体质粒，呈现了对TDMD的不同影响，这种影响不能归因于核苷酸序列，因为环状和线性序列的TDMD通常存在不同特性。通过分析神经元分化系统的RNA测序数据，作者进一步检测了circRNA对microRNA稳定性的潜在影响。该研究结果支持RNA成环性影响TDMD的观点，circRNA能增强或抑制特定microRNAs的TDMD。
RNA成环性影响靶标导向的microRNA降解（TDMD）
03 基于表面增强拉曼光谱和催化发夹组装技术的光学纳米生物传感器通过检测血液环状RNA筛查早期肺癌
标题：Optical Nanobiosensor Based on Surface-Enhanced Raman Spectroscopy and Catalytic Hairpin Assembly for Early-Stage Lung Cancer Detection via Blood Circular RNA
杂志：ACS Sens
影响因子：8.9
通讯作者：林多教授、许元基副主任医师和冯尚源教授（福建师范大学；福建医科大学）
DOI：https://doi.org/10.1021/acssensors.3c02810
肺癌已成为全球癌症相关死亡的主要原因。然而，肺癌的早期检测仍然具有挑战性，导致患者预后不佳。在此，作者开发了一种集成表面增强拉曼光谱(SERS)和催化发夹组装技术(CHA)的光学生物传感器，以检测与肿瘤形成和进展相关的环状RNA (circRNA) (circSATB2)。通过核壳纳米探针和具有校准能力的二维SERS基地产生丰富的SERS“热点”，大大增强了拉曼报告器的信号。该方法实现了对目标circRNA的灵敏(检测限:0.766 fM)和可靠的定量检测。此外，研究使用开发的生物传感器检测人类血清样本中的circRNA，发现肺癌患者的circRNA浓度高于健康受试者。研究还表征了肺癌早期(IA和IB)和亚型(IA1、IA2和IA3)独特的circRNA浓度谱。这些结果证明了所提出的光学传感纳米平台作为肺癌早期筛查的液体活检和预后工具的潜力。
使用集成SERS和CHA的光学纳米生物传感器，检测血液中circRNA，筛查早期肺癌。
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