王潇团队近年来致力于发展下一代mRNA设计及优化方法，课题组过去曾通过结合寡聚核糖核酸化学合成和mRNA酶合成方法，可控地在线性mRNA 3′端引入化学和拓扑学修饰以提高其功能稳定性，而翻译效率则是mRNA药物有效性的另一维度。
翻译起始是mRNA指导蛋白合成的限速步骤，在这一过程中，真核翻译起始因子（eIFs）通过与mRNA的N7-甲基-鸟嘌呤（m7G）帽结构相互作用进一步招募细胞质中的核糖体等内源蛋白翻译机器，从而开启mRNA翻译。
此前有大量研究表明，mRNA帽以及5′非翻译区域的化学修饰对于mRNA翻译及稳定性具有重要调控作用并展现出了改善治疗性mRNA药物性质的巨大潜力。尽管如此，现有基于RNA聚合酶的mRNA合成技术由于受到RNA合成酶结构兼容性的限制，难以引入更为多样化的mRNA化学或拓扑结构的修饰。
与此同时，具有外切酶抗性的环状RNA（circRNA）作为更稳定的治疗性蛋白表达载体近年来也收到了广泛关注。然而，环状RNA依赖于由内部核糖体进入位点（IRES）驱动的蛋白翻译效率远低于经典mRNA帽依赖的翻译，导致环状RNA的蛋白表达能力较低。因此，通过环状RNA拓扑结构改造引入帽结构有望在保持环状RNA稳定性的同时提高其翻译效率。
2024年9月23日，麻省理工学院化学系/Broad研究所王潇课题组（博士生陈泓宇、刘当亮和Abhishek Aditham为论文共同第一作者）在 Nature Biotechnology 期刊发表了题为：Chemical and topological design of multicapped mRNA and capped circular mRNA to augment translation 的研究论文。该研究通过基于连接的mRNA-寡聚核苷酸组装策略（RNA LEGO），利用化学酶法实现了汇聚式mRNA模块化组装，在更大的化学空间上探索了mRNA 5′和3′以及环状RNA化学修饰和拓扑结构改造，大幅提高了mRNA在细胞与小鼠体内的蛋白生产能力，为mRNA翻译起始机制及相关化学修饰设计提供了新见解。
为了实现对mRNA及环状RNA的化学修饰及拓扑结构改造，王潇课题组提出基于多种连接酶的mRNA-寡聚核苷酸组装策略（RNA LEGO），利用化学酶法实现了汇聚式mRNA模块化组装。
图1：LEGO，一种位点特异性对mRNA/circRNA进行化学/拓扑修饰的策略
首先，通过化学加帽法及反向高效液相色谱，研究团队利用RNA LEGO策略合成并筛选了mRNA帽以及5′非翻译区域的多种天然或非天然化学修饰，并通过组合多种单一有效的化学修饰成功将荧光素酶报告mRNA的蛋白表达提高了近10倍。同时，基于事实上eIF在结合5′帽后，翻译起始复合体的组装完全依赖于蛋白-蛋白相互作用，课题团队认为在5′非翻译区域引入非天然链接结构可能能被翻译起始机制兼容；与此同时，受团队先前多尾RNA工作的启发，他们推论在5′端引入多个帽结构以增加mRNA-eIF的结合位点可能加速翻译起始复合体的形成。
基于这些假设，研究团队结合化学加帽反应和点击化学组装策略构建了含有双帽结构的枝状寡聚核苷酸，并通过T4连接酶引入mRNA的5′末端，形成多帽mRNA，并发现其可以提高mRNA的蛋白表达。通过对多帽mRNA拓扑结构的改造优化，研究者确定了最佳的主链及支链长度，从而实现mRNA蛋白表达水平的最大化。最终，结合mRNA 5′ 化学修饰、双帽拓扑结构改造以及该课题组前期发展的mRNA 3′ 化学修饰策略，研究者将荧光素酶报告mRNA的峰值蛋白表达水平提高了近20倍。
图2：多帽mRNA的设计思路
为了研究优化后帽及邻近的化学/拓扑修饰增强翻译的机制，研究团队首先应用连接有含帽的寡多聚核糖核酸磁珠及同位素标记定量蛋白沉降质谱对可能的作用蛋白进行了全局表征。他们观察到包括帽结合蛋白eIF4E1（13倍）及其他翻译相关蛋白如eIF4G1（42倍），eIF4G3（28倍），eIF4A（6倍）的显著富集。除此之外，化学修饰只增强了翻译相关帽结合蛋白eIF4E1的富集，而对其余翻译不相关的帽结合蛋白如NCBP1的富集却下降了33倍，显示化学修饰对翻译相关机制的选择性。 图3：含帽的环状RNA的设计思路
接下来，利用RNA LEGO的汇聚式合成策略，研究团队通过结合T4 RNA连接酶和RtcB连接酶介导的连接反应构建了一种不依赖于内含子的环状RNA环化及位点特异性修饰方法，首次合成了带有枝状帽结构的环状RNA并命名为——QRNA。结合对枝状mRNA帽结构的化学修饰，研究团队证明了环状RNA利用帽依赖机制进行翻译的可行性，并在体外和体内实现了对环状RNA翻译效率的大幅提高。通过对多种具有不同拓扑结构RNA翻译的研究，研究团队提出了“帽临近驱动的翻译”模型：当5′帽以及非翻译序列通过天然磷酸二酯键、非天然共价或非共价互补配对等方式与mRNA相互作用时，在mRNA蛋白编码区附近的帽结构便可以招募核糖体并以“插入（slot-in）”的模式着陆于帽结构下游或上游约20碱基的mRNA编码区内并启动蛋白翻译。这一机制的揭示标明了mRNA翻译对各种不同拓扑结构的兼容性，并为后续的mRNA药物结构设计以及可能的天然mRNA翻译调控过程提供了新的启示。 图4：帽临近驱动翻译模型
最后，研究团队分别测试了该技术在mRNA疫苗和蛋白替代疗法中的治疗效果。结果表明， 相比于未修饰的mRNA，经优化的编码人促红细胞生成素（hEPO）的双帽mRNA-LNP复合物能够在小鼠体内产生总共近8倍的hEPO蛋白表达并显著提高小鼠血液中网织红细胞的比例，显示其用于蛋白质疗法的优越性。而在针对SARS-CoV-2的mRNA疫苗应用中，经优化的mRNA不仅能够在注射后七天内产生抗体免疫反应，而且在加强针免疫一周后产生4倍于未修饰mRNA组的抗体滴度。通过运用空间转录/翻译组学技术对小鼠淋巴的表征显示，优化后mRNA显著提高了抗原呈递细胞的激活程度；通过流式细胞术对小鼠脾细胞的表征，优化后mRNA疫苗显著增加了T细胞响应，这些结果表明了化学修饰和拓扑结构改造在提高mRNA治疗应用方面的潜力。
原文链接 https://www.nature.com/articles/s41587-024-02393-y
通过电泳迁移率检测实验，研究团队在体外用提纯蛋白确认了优化后的化学修饰或多帽结构能增强eIF4E1的结合，并且更显著的是，化学修饰也提高了帽-eIF4E-eIF4G共聚物的总体稳定性。除了结合翻译起始蛋白，帽结构同时也具有保护mRNA从5′端被外切酶降解的作用，这一过程被脱帽蛋白hDcp2调控。在这一方面，研究团队发现，除了对帽本身的修饰，对5′非翻译区的化学修饰显著增强了mRNA对脱帽酶的抗性，最优修饰的mRNA在体外脱帽酶6小时的作用下仅被脱帽30%，而天然的帽0/1结构在同样条件下15分钟内就被完全脱帽。最后，通过研究团队自主发明的空间转录/翻译组技术STARmap和RIBOmap，他们发现双帽mRNA在细胞内显著增加了核糖体结合的mRNA比例，验证了化学修饰及双帽结构双帽结构通过提高mRNA与翻译起始因子eIF4E的相互作用提高翻译起始速率进而提高翻译效率。