欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献18篇,下面我们一起来看看circRNA研究最近有哪些新进展。
- 人类心脏蛋白翻译蓝图
论文标题:The Translational Landscape of the Human Heart.
杂志:cell. 影响因子:31.398
通讯作者:Sebastiaan van Heesch和Norbert Hubner(德国柏林Max Delbruck分子医学中心)
本期Cell杂志发表了一项关于人心脏翻译组学系统性工作,该研究主要有以下亮点:利用核糖体印迹测序技术分析揭示了人体心脏组织中蛋白翻译调控原理;蛋白翻译剪切变体调控机制;一些lncRNA和circRNA可在体内产生功能性微蛋白;这些微蛋白可能涉及线粒体和其他细胞过程。该研究证实了169种lncRNA,40种circRNA可编码蛋白质,进一步打破了circRNA归为非编码RNA的界限,表明了circRNA的功能多样性。CircRNA翻译研究还有很多空白值得去探索。本文献深入解读详见本公众号历史文章:Cell | 心脏翻译组学文章,证明circRNA可翻译
图注:数以百计的circRNA和lncRNA可翻译微蛋白并行使功能,蛋白翻译剪切变体与疾病相关。
- 由Circ-CDYL驱动的非编码调控RNA网络特别是在早期阶段肝细胞癌的研究
论文标题:A Noncoding Regulatory RNAs Network Driven by Circ-CDYL Acts Specifically in the Early Stages Hepatocellular Carcinoma
杂志:Hepatology 影响因子:14.079
通讯作者:Hongyang Wang和Liang Li(第二军医大学东方肝胆外科研究)
肝细胞癌(HCC)是全球癌症相关死亡增加最快的癌症,但在其早期阶段缺乏特异性生物标志物和治疗靶点,导致HCC早期诊断和治疗的严重不足。该研究通过对mRNA,circRNA和microRNA表达谱的全基因组分析,揭示了在HCC的早期阶段以circRNA为中心的调控RNA网络。Circ-CDYL在HCC的早期阶段EpCAM阳性细胞特异性上调,Circ-CDYL分别作为miR-892a和miR-328-3p的海绵,与编码肝细胞瘤衍生生长因子(HDGF)和缺氧诱导因子天冬酰胺羟化酶(HIF1AN)的mRNA相互作用,随后,激活PI3K-AKT-mTORC1/β-catenin和NOTCH2途径,促进BIRC5或SURVIVIN和MYC原癌基因的效应蛋白的表达。研究者进一步证明了Circ-CDYL表达或与HDGF和HIF1AN两者结合都是区分早期HCC的独立标志物,优势比(OR)为1.09(95%CI:1.02-1.17)和124.58(95%)CI:13.26-1170.56)。
图注:A和B:Circ-CDYL、HDGF和HIF1AN作为肝细胞癌早期诊断标志物的诊断效能分析;C:肝细胞癌中以Circ-CDYL为中心的调控网络机制示意图
- HPV来源的circRNA翻译原癌蛋白促进子宫颈癌细胞发生转化
论文标题:Transforming activity of an oncoprotein-encoding circular RNA from human papillomavirus
杂志:Nature communications 影响因子:12.353
通讯作者:Richard C. Wang(德克萨斯大学西南医学中心)
人乳头瘤病毒(HPV)是双链DNA病毒,含有100多种亚型,高风险HPV16和18,引起约70%的宫颈癌。之前已有研究发现在EB病毒和卡波西肉瘤病毒(KSHV)可产生多种环状RNA,这些circRNA在病毒感染宿主过程可能起到关键调控作用。该研究发现,致癌型HPV产生circRNA,在HPV16感染细胞中通过RT-PCR和northern blotting实验检测到HPV16形成的circE7。CircE7经N6-甲基腺苷(m6A)修饰,主要定位于细胞质,与核糖体相关,可翻译产生E7癌蛋白。CaSki宫颈癌细胞中特异性敲低circE7后,E7蛋白水平降低,并抑制了体外和肿瘤异种移植中的癌细胞生长。该研究结果表明病毒来源的环状RNA编码蛋白质具有生物学功能,circE7的稳定性和其编码蛋白E7的致癌作用,为其作为诊断高风险性HPV感染的标志物提供了依据。本文献深入解读详见本公众号历史文章:Nature communications | HPV circRNA编码蛋白“助纣为虐”?
4、microRNA,circRNA和长非编码RNA在急性髓性白血病中的作用
论文标题:Role of microRNAs, circRNAs and long noncoding RNAs in acute myeloid leukemia
杂志:J Hematol Oncol. 影响因子:7.333
通讯作者:Lin Fu(广州医科大学附属第二医院)
急性髓性白血病(AML)是骨髓(BM)中未成熟骨髓造血细胞的恶性肿瘤。这是一种高度异质性的疾病,老年患者的发病率和死亡率都在上升。尽管过去几十年的研究提高了我们对AML的认识,但其发病机制尚未完全阐明。长非编码RNA(lncRNA),小RNA(miRNA)和环状RNA(circRNA)三种非编码RNA(ncRNA)分子,他们调节基因转录和蛋白翻译。随着RNA-Seq技术的发展,已经发现了越来越多与AML白血病发生密切相关的ncRNA。大量研究发现,这些ncRNA在白血病细胞增殖,分化和凋亡中起重要作用。一些可能潜在地用作预后生物标志物。在该综述文章中,作者系统简要描述了三种ncRNAs的特征和分子功能,包括lncRNAs,miRNAs和circRNAs,并详细讨论了它们与AML的关系。
图注:AML相关的circRNA汇总表。
图注:AML中circRNA-microRNA-lncRNA三种分子相关性图。
参考文献列表
序号 | 主要内容 | 论文标题 | 杂志 | IF | 单位 |
1 | 人类心脏蛋白翻译蓝图 | The Translational Landscape of the Human Heart | cell | 31.398 | 德国柏林Max Delbruck分子医学中心 |
2 | 由Circ-CDYL驱动的非编码调控RNA网络特别是在早期阶段肝细胞癌 | A Noncoding Regulatory RNAs Network Driven by Circ-CDYL Acts Specifically in the Early Stages Hepatocellular Carcinoma | Hepatology. | 14.079 | 第二军医大学东方肝胆外科研究所 |
3 | HPV来源的circRNA翻译原癌蛋白促进子宫颈癌细胞发生转化 | Transforming activity of an oncoprotein-encoding circular RNA from human papillomavirus | Nat Commun. | 12.353 | 德克萨斯大学西南医学中心 |
4 | microRNA,circRNA和长非编码RNA在急性髓性白血病中的作用 | Role of microRNAs, circRNAs and long noncoding RNAs in acute myeloid leukemia | J Hematol Oncol. | 7.333 | 广州医科大学附属第二医院 |
5 | 环状RNA hsa_circ_0001649通过海绵吸附多种miRNA抑制肝细胞癌的进展 | Circular RNA hsa_circ_0001649 inhibits hepatocellular carcinoma progression via multiple miRNAs sponge | Aging (Albany NY). | 5.179 | 南京医科大学附属淮安第一人民医院 |
6 | Hsa_circ_0005519通过调节CD4 + T细胞中的hsa-let-7a-5p来增加IL-13 / IL-6以影响哮喘 | Hsa_circ_0005519 increases IL-13/IL-6 by regulating hsa-let-7a-5p in CD4+ T cells to affect asthma | Clin Exp Allergy. | 5.158 | 华中科技大学同济医学院 |
7 | 来自顶端乳头的干细胞成骨分化期间的差异环RNA表达谱 | Differential circular RNA expression profiling during osteogenic differentiation of stem cells from apical papilla | Epigenomics. | 4.979 | 南京医科大学 |
8 | 胶质母细胞瘤中非编码RNA的蛋白质世界 | The protean world of non-coding RNAs in glioblastoma | J Mol Med (Berl). | 4.938 | 斯坦福大学医学院 |
9 | 社论:从“垃圾DNA”到临床相关的癌症诊断,分期和定制治疗工具:非编码RNA的难以置信的案例 | Editorial: From “Junk DNA” to Clinically Relevant Tools for Cancer Diagnosis, Staging, and Tailored Therapies: The Incredible Case of Non-Coding RNAs | Front Oncol. | 4.416 | 俄亥俄州立大学 |
10 | 香烟烟雾提取物改变原代人小气道上皮细胞中环状RNA和mRNA的表达谱 | Cigarette smoke extract alters genome-wide profiles of circular RNAs and mRNAs in primary human small airway epithelial cells | J Cell Mol Med. | 4.302 | 四川大学华西医院 |
11 | CircMTO1通过调节miR-17-5p和Smad7抑制肝纤维化 | CircMTO1 inhibits liver fibrosis via regulation of miR-17-5p and Smad7 | J Cell Mol Med. | 4.302 | 温州医科大学附属第一医院 |
12 | 通过RNA测序系统分析安哥拉兔(Oryctolagus cuniculus)毛囊周期中涉及的非编码RNA | Systematic Analysis of Non-coding RNAs Involved in the Angora Rabbit (Oryctolagus cuniculus) Hair Follicle Cycle by RNA Sequencing | Front Genet. | 4.151 | 扬州大学动物科技学院 |
13 | 环状RNA和RNA剪接变体作为肺癌患者液体活检中预后和治疗反应的生物标志物 | Circular RNAs and RNA Splice Variants as Biomarkers for Prognosis and Therapeutic Response in the Liquid Biopsies of Lung Cancer Patients | Front Genet. | 4.151 | 法国格勒诺布尔大学 |
14 | 脑底异常血管网症(烟雾病)中性粒细胞circRNA转录组测序分析 | Circular RNA Profiling of Neutrophil Transcriptome Provides Insights into Asymptomatic Moyamoya Disease | Brain Res. | 3.125 | 首都医科大学 |
15 | 环状RNA circ_0079593表明预后不良,并通过在胶质瘤中海绵状miR-182和miR-433促进细胞生长和侵袭 | Circular RNA circ_0079593 indicates a poor prognosis and facilitates cell growth and invasion by sponging miR-182 and miR-433 in glioma | J Cell Biochem. | 2.959 | 齐齐哈尔医科大学 |
16 | 卵巢子宫内膜异位症的环状RNA表达谱和生物信息学分析 | Circular RNA expression profiles and bioinformatics analysis in ovarian endometriosis | Mol Genet Genomic Med. | 2.695 | 中国医科大学附属盛京医院 |
17 | HER2过表达对两种乳腺细胞及其囊泡中miRNA和circRNA转录组的影响 | The impact of HER2 overexpression on the miRNA and circRNA transcriptomes in two breast cell lines and their vesicles | Pharmacogenomics. | 2.302 | 巴西圣保罗的癌症治疗中心 |
18 | 综合分析不同时期牛病毒性腹泻病毒感染的MDBK细胞中circRNAs的表达谱 | Comprehensive analysis of circRNAs expression profiles in different periods of MDBK cells infected with bovine viral diarrhea virus | Res Vet Sci. | 1.616 | 石河子大学 |