欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献29篇，下面我们一起来看看circRNA研究最近有哪些新进展。
- 综述：哺乳动物细胞工程技术合成环状RNA
论文标题： Reinventing the Wheel: Synthetic Circular RNAs for Mammalian Cell Engineering
期刊：Trends Biotechnol 影响因子：13.747
通讯作者：Alan Costello（爱尔兰都柏林城市大学）
最近的研究报道，证实了合成环状RNA分子在基因治疗和基于细胞表达系统的生物制剂生产中的应用。环状RNA是前体mRNA通过反向剪接方式自然形成的共价闭环RNA。虽然环状RNA曾被认为是剪接错误的非编码产物，但现在人们普遍认为，在真核生物中，环状RNA数量丰富，在基因调控和蛋白翻译等方面具有多种功能。关于环状RNA在各种疾病中的功能及应用已有大量报道，但人工合成环状RNA在重组蛋白生产和基于环状RNA的治疗方面的应用，才刚刚成为人们关注的焦点。该综述文章系统性地阐述了目前人工合成环状RNA的应用以及合成环状RNA的方法，主要重点介绍了以下几个方面。
- 介绍已经报道的在体内和体外合成环状RNA的机制和方法。
- 设计合成的环状RNA被用于调节天然miRNA的功能。
- 环状RNA可以编码蛋白质，并且已经证明了新的翻译机制。
- 利用环状RNA适配体，可以对蛋白质功能和细胞内代谢产物进行干扰。
图注：人工合成circRNA的应用方向。
- Ularcirc：一种集成反向和正向剪接位点识别的增强型circRNA分析及可视化工具
论文标题：Ularcirc: visualization and enhanced analysis of circular RNAs via back and canonical forward splicing
期刊：Nucleic Acids Res 影响因子：11.147
通讯作者：David T. Humphreys（澳大利亚张任谦心脏研究所）
环状RNA(circRNA)是一类独特的基因转录产物，只能通过跨越不一致连接的序列比对来识别，通常称为反向剪接连接(BSJ)。经典正向剪接方式也与circRNA的生物形成有关，无论是来自于亲本转录本还是来自于circRNA内部，而目前circRNA鉴定软件中通常不太会关注这一点。该文献作者开发的Ularcirc的软件工具，它集成了识别反向剪接位点和正向剪接位点的可视化功能，并能对鉴定的circRNA进行下游分析。 Ularcirc可利用CIRI、circExplorer或STAR比对软件的原始输出结果，组装环状RNA的反向剪接位点（BSJ）计数表，并允许多样本分析。研究者使用Ularcirc工具分别从公共和内部生成的数据集中识别和表征circRNA，并演示了它如何用于(i)发现新的亲本转录本剪接模式，(ii)检测circRNA的内部剪接模式，(iii)以及揭示反向剪接位点（BSJ）形成的复杂性。 此外，该研究还确定了circRNA可能具有比亲本转录本线性序列更长的开放阅读框。最后，我们检测并验证了由ApoA4转录本产生的一类新型环状circRNA的存在，其反向剪接位点（BSJ）来自编码外显子内的多个非经典剪接位点。
图注：Ularcirc工具集工作流程示意图
- 环状RNAcircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/波形蛋白轴促进胃癌进展
论文标题：Circular RNA circNHSL1 promotes gastric cancer progression through the miR-1306-3p/SIX1/vimentin axis
杂志：Mol Cancer 影响因子：10.679
越来越多的证据表明环状RNA (circRNAs)在各种癌症的发生和发展过程中发挥着重要的作用。然而，环状RNA在胃癌中的具体功能和潜在机制仍不清楚。该研究采用高通量测序技术RNA-seq分析筛选转移相关环状RNA的表达谱。采用qRT-PCR技术检测胃癌组织中circNHSL1的表达水平及对预后的影响。目前广泛认为vimentin波形蛋白作为一种间质标记物，在多种肿瘤中促进侵袭和转移。研究者采用荧光素酶报告基因法测定了SIX1对波形蛋白的调节作用。此外，原位杂交(ISH)检测miR-1306-3p的水平和预后价值。实验结果发现circNHSL1水平在胃癌中明显上调，与胃癌患者的临床病理特征及预后不良呈正相关。在功能上，circNHSL1促进细胞的迁移和侵袭，以及体内肿瘤的发生和转移。在机制上，circNHSL1作为miR-1306-3p海绵，减轻miR-1306-3p对靶基因SIX1的抑制作用。此外，SIX1通过直接与波形蛋白启动子区结合，增强波形蛋白在转录水平上的表达，从而促进细胞迁移和侵袭。此外，miR-1306-3p表达下调，与胃癌的病理特征及预后不良呈负相关。因此，CircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/Vimentin轴促进胃癌进展，可能成为胃癌患者新的诊断标志物和治疗靶点。
图注：体内动物实验结果表明circNHSL1可促进胃癌细胞的增殖和转移。
参考文献列表
| 序号 | 主要内容 | 论文标题 | 杂志 | IF | 单位 |
| 1 | 综述：哺乳动物细胞工程技术合成环状RNA | Reinventing the Wheel: Synthetic Circular RNAs for Mammalian Cell Engineering | Trends Biotechnol | 13.747 | 爱尔兰都柏林城市大学 |
| 2 | Ularcirc：一种增强型circRNA分析工具 | Ularcirc: visualization and enhanced analysis of circular RNAs via back and canonical forward splicing | Nucleic Acids Res | 11.147 | 澳大利亚张任谦心脏研究所 |
| 3 | 环状RNAcircNHSL1通过miR-1306-3p/SIX1/波形蛋白轴促进胃癌进展 | Circular RNA circNHSL1 promotes gastric cancer progression through the miR-1306-3p/SIX1/vimentin axis | Mol Cancer | 10.679 | 上海市第一人民医院 |
| 4 | 来自NLRP3缺陷小鼠的肠道微生物群通过circHIPK2调节星形胶质细胞功能障碍来改善抑郁样行为 | Gut microbiota from NLRP3-deficient mice ameliorates depressive-like behaviors by regulating astrocyte dysfunction via circHIPK2 | Microbiome | 10.465 | 东南大学医学院 |
| 5 | 骨重建和骨转移中的非编码RNA：作用机制和转化相关性 | Non-coding RNAs in Bone Remodelling and Bone Metastasis: Mechanisms of Action and Translational Relevance | Br J Pharmacol | 6.583 | 谢菲尔德大学医学院 |
| 6 | 可卡因诱导纹状体中的差异环状RNA表达 | Cocaine induces differential circular RNA expression in striatum | Transl Psychiatry | 5.182 | 四川大学华西医学院 |
| 7 | circCPA4作为预后因子，调节胶质瘤的增殖和转移 | circCPA4 acts as a prognostic factor and regulates the proliferation and metastasis of glioma | J Cell Mol Med | 4.658 | 中南大学湘雅医院 |
| 8 | 前体mRNA结构形成环状RNA | Pre-mRNA structures forming circular RNAs | Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech | 4.599 | 肯塔基大学 |
| 9 | 滚环cDNA合成揭示环状RNA剪接变体 | Rolling Circle cDNA Synthesis Uncovers Circular RNA Splice Variants | Int J Mol Sci | 4.183 | 意大利布巴内斯瓦尔生命科学研究所 |
| 10 | 阿尔茨海默病模型中失调的环状RNA可能的表观遗传调节作用 | Possible epigenetic regulatory effect of dysregulated circular RNAs in Alzheimer’s disease model | Sci Rep | 4.011 | 韩国首尔大学医院 |
| 11 | 强直性营养不良中环状RNA水平的全局增加 | Global Increase in Circular RNA Levels in Myotonic Dystrophy | Front Genet | 3.517 | 波兰科学院 |
| 12 | hsa_circ_0007534下调通过调节miR-498/BMI-1信号传导来抑制宫颈癌的增殖和侵袭 | Downregulation of hsa_circ_0007534 restricts the proliferation and invasion of cervical cancer through regulating miR-498/BMI-1 signaling | Life Sci | 3.448 | 陕西省肿瘤医院 |
| 13 | 目前胃癌的患病率状况以及最近关于环状RNA的作用及研究方法 | Current prevalence status of gastric cancer and recent studies on the roles of circular RNAs and methods used to investigate circular RNAs | Cell Mol Biol Lett | 3.367 | 东南大学南京公共卫生学院 |
| 14 | CircRNA CBL.11通过在结肠直肠癌中吸附miR-6778-5p来抑制细胞增殖 | CircRNA CBL11 suppresses cell proliferation by sponging miR-6778-5p in colorectal cancer | BMC Cancer | 2.933 | 中国科学院近代物理研究所等 |
| 15 | 大鼠肺发育过程中circRNA的差异表达 | Differential expression of circRNAs during rat lung development | Int J Mol Med | 2.928 | 南京医科大学附属儿童医院 |
| 16 | microRNA-579上调介导结核分枝杆菌感染导致人巨噬细胞死亡 | microRNA-579 upregulation mediates death of human macrophages with mycobacterium tuberculosis infection | Biochem Biophys Res Commun | 2.705 | 上海市肺科医院 |
| 17 | 环状RNA hsa_circRNA_0007334通过在胰腺导管腺癌中作为miRNA海绵起作用来促进MMP7和COL1A1表达 | Circular RNA hsa_circRNA_0007334 is Predicted to Promote MMP7 and COL1A1 Expression by Functioning as a miRNA Sponge in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma | J Oncol | 2.6 | 吉林大学第二医院 |
| 18 | 下调的circPAPPA通过miR-384 / STAT3途径抑制滋养层细胞的增殖和侵袭 | Downregulated circPAPPA suppresses the proliferation and invasion of trophoblast cells via the miR-384/STAT3 pathway | Biosci Rep | 2.535 | 南京医科大学附属常州妇幼保健院 |
| 19 | 环状RNA MYLK作为癌基因通过microRNA-195 / cyclin D1轴在喉鳞状细胞癌中促进癌症进展 | Circular RNA MYLK serves as an oncogene to promote cancer progression via microRNA-195/cyclin D1 axis in laryngeal squamous cell carcinoma | Biosci Rep | 2.535 | 河北工程大学附属医院 |
| 20 | Hsa_circ_0065149是早期胃癌筛查和预后预测的指标 | Hsa_circ_0065149 is an Indicator for Early Gastric Cancer Screening and Prognosis Prediction | Pathol Oncol Res | 2.433 | 宁波大学医学院等 |
| 21 | 沉默circANKRD36通过上调miR-138保护H9c2细胞免受脂多糖诱导的损伤 | Silencing circANKRD36 protects H9c2 cells against lipopolysaccharide-induced injury via up-regulating miR-138 | Exp Mol Pathol | 2.35 | 济宁医学院附属医院 |
| 22 | 角膜新生血管中circRNA表达模式的微阵列分析 | Microarray Analysis of circRNA Expression Pattern in Corneal Neovascularization | Cornea | 2.313 | 复旦大学附属眼耳鼻喉科医院 |
| 23 | 原发性Sjögren综合征中循环RNA的表达改变 | Altered expression of circular RNA in primary Sjögren’s syndrome | Clin Rheumatol | 2.293 | 西南医科大学 |
| 24 | 鉴定环状RNA的内部对照基因 | Identification of internal control genes for circular RNAs | Biotechnol Lett | 2.154 | 南京医科大学附属肿瘤医院 |
| 25 | CircRNAs_100395在肝癌增殖和转移中的作用 | Role of CircRNAs_100395 in Proliferation and Metastases of Liver Cancer | Med Sci Monit | 1.98 | 南方医科大学南方医院 |
| 26 | hsa_circ_0092125的下调与口腔鳞状细胞癌的发生和发展有关 | Down-regulation of hsa_circ_0092125 is related to the occurrence and development of oral squamous cell carcinoma | Int J Oral Maxillofac Surg | 1.961 | 青岛大学附属医院 |
| 27 | 宫颈癌中循环RNA相关ceRNA网络的综合分析：观察研究 | Integrated analysis of circular RNA-associated ceRNA network in cervical cancer: Observational Study | Medicine (Baltimore) | 1.87 | 黄石市中心医院 |
| 28 | lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络在腰椎间盘退变中的作用 | lncRNA/circRNA‑miRNA‑mRNA ceRNA network in lumbar intervertebral disc degeneration | Mol Med Rep | 1.851 | 西安交通大学医学院附属红会医院 |
| 29 | 循环血浆环状RNA作为儿童先天性心脏病的新型诊断生物标志物 | Circulating plasma circular RNAs as novel diagnostic biomarkers for congenital heart disease in children | J Clin Lab Anal | 1.728 | 南京医科大学附属儿童医院 |