欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献23篇,下面我们一起来看看circRNA研究最近有哪些新进展。

1、揭示内含子和外显子限定和反向剪接的统一机制

论文标题:A unified mechanism for intron and exon definition and back-splicing.

期刊: Nature 影响因子:43.07

通讯作者:Rui Zhao(美国科罗拉多大学安舒茨医学校区)和 Z. Hong Zhou(加州大学洛杉矶分校)

外显子限定和反向剪接的分子机制是前提mRNA剪接中尚未解决的基本问题。该研究的团队成员利用冷冻低温电镜技术,提供了在内含子上酵母剪接体E复合物组装结构及展示了mRNA前提剪接中最早期事件的视图。E复合物结构表明相同的剪接体可以跨越外显子组装,要么重构以跨越内含子实现经典的线性剪接(通常在短外显子上),要么催化反向剪接以产生环状RNA(在长外显子上)。该模型得到了实验的支持,即当外显子足够长时,在酵母EFM5或HMRA1基因的中间外显子上组装的E复合物可形成环状RNA。该模型统一了真核生物中利用相同剪接体的内含子、外显限定和反向剪接机制,意义重大。推荐阅读:Nature | 酵母剪切体E复合体结构揭示circRNA形成机制。

图注:内含子、外显子和反向剪接机制统一模型机制

2、N6-甲基腺苷修饰控制细胞对环状的RNA的免疫反应

论文标题:N6-Methyladenosine Modification Controls Circular RNA Immunity

期刊:Molecular Cell 影响因子:14.548

通讯作者:Howard Y. Chang (斯坦福大学)

环状RNA(circRNA)在真核细胞和病毒基因组中普遍存在。哺乳动物细胞具有检测外源circRNA的先天免疫力,但是在细胞免疫系统中识别自身和外源circRNA同一性的分子基础尚不清楚。该研究结果发现人类circRNAs上的N6-甲基腺苷(m6A)RNA修饰可抑制细胞先天免疫和佐剂活性。外源circRNA是体内诱导抗原特异性T细胞活化,抗体产生和抗肿瘤免疫的有效佐剂。细胞内源产生的circRNA由于携带m6A修饰,募集并结合了YTHDF2,后者抑制了RIG-I/K63-Ubn/circRNA复合体的活化,最终不会诱发自身免疫效应通路激活。外源circRNA(不携带m6A修饰)可以通过与K63-Ubn和RIG-I结合并促进RIG-I聚合和激活,进而促进下游MAVS的聚合进而诱导IRF3的二聚化激活,最终诱导自身免疫相关通路基因的表达。推荐阅读:Molecular Cell | 外源环状RNA可诱发免疫效应的新证据

图注:circRNA通过RIG-I诱导先天免疫应答分子机制示意图

3、黄病毒基因组RNA的环化抑制从头翻译起始

论文标题:Circularization of flavivirus genomic RNA inhibits de novo translation initiation

期刊:Nucleic Acids Research 影响因子:11.147

通讯作者:Trevor R. Sweeney (剑桥大学Addenbrooke’s医院)

黄病毒科是一种病毒家族。人类和其他哺乳动物作为其天然宿主。它们主要通过节肢动物载体(主要是蜱和蚊子)传播。该科从黄热病病毒(黄病毒科病毒)获得其名称,遗传物质为单股线型的RNA,长度约9.6-12.3kb,5’端帽带有甲基化的核苷酸。病毒颗粒具有外套膜,直径约40-60nm。寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)等黄病毒科病毒在全球广泛流行,引起较大危害,而目前尚无批准的特效药物和疫苗用于防治。母亲感染寨卡病毒(ZIKV)可诱发新生儿小头畸形。感染后,黄病毒RNA基因组既要翻译蛋白又要作为转录模板复制新基因组。但核糖体和病毒聚合酶沿RNA的相反方向前进,存在碰撞和无法复制的风险。黄病毒基因组通常是线性的(有利于蛋白翻译),也可以远距离通过RNA-RNA相互作用形成环状构象,这种环状RNA的结构则是黄病毒基因组进行复制的必要条件。该研究利用体外重建方法,证明了黄病毒基因组环化抑制ZIKV(寨卡病毒)和DENV(登革病毒) RNA上的从头翻译起始,而线性构象是翻译能力的。清除核糖体的病毒RNA可以有效促进复制的机制,该研究成果增进了人们对黄病毒基因组RNA在不同感染阶段构象变化的认识,为对抗病毒感染提供了重要的理论基础,具有重要的临床意义。推荐阅读:Nucleic Acids Research | 黄病毒基因组RNA的环化抑制了从头翻译起始

图注:RNA基因组环化抑制翻译起始的机制示意图

参考文献列表

序号 主要内容 论文标题 杂志 IF 单位
1 内含子和外显子限定和反向剪接的统一机制。 A unified mechanism for intron and exon definition and back-splicing. Nature 43.07 科罗拉多大学安舒茨医学分校等
2 N6-甲基腺苷修饰控制细胞对环状的RNA的免疫反应。 N6-Methyladenosine Modification Controls Circular RNA Immunity. Mol Cell 14.548 斯坦福大学
3 黄病毒基因组RNA的环化抑制从头翻译起始 Circularization of flavivirus genomic RNA inhibits de novo translation initiation Nucleic Acids Res. 11.147 剑桥大学Addenbrooke’s医院
4 RNA-Seq分析人肺腺癌和鳞状细胞癌中的环状RNA。 RNA-Seq profiling of circular RNA in human lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma. Mol Cancer 10.679 四川大学华西医院
5 环状RNA-ZKSCAN1通过miR-1178-3p / p21轴抑制膀胱癌进展,并且作为复发的预后因素。 Circular RNA circ-ZKSCAN1 inhibits bladder cancer progression through miR-1178-3p/p21 axis and acts as a prognostic factor of recurrence. Mol Cancer 10.679 中山大学孙逸仙纪念医院
6 circRNA特征可预测II/III期结肠癌术后复发。 A circRNA signature predicts postoperative recurrence in stage II/III colon cancer. EMBO Mol Med 10.624 中山大学癌症中心
7 癌症代谢中的CircRNA研究综述 CircRNAs in cancer metabolism: a review. J Hematol Oncol 8.731 南京医科大学第一附属医院
8 环状RNA Cdr1as通过抑制miR-1270上调SCAI以抑制卵巢癌中的顺铂耐药性。 Circular RNA Cdr1as Upregulates SCAI to Suppress Cisplatin Resistance in Ovarian Cancer via miR-1270 Suppression. Mol Ther Nucleic Acids 5.919 郑州大学第一附属医院等
9 在缺氧条件下敲除circDENND4C通过上调中的miR-200b / c来抑制乳腺癌糖酵解,迁移和侵袭。 Knockdown of circDENND4C inhibits glycolysis, migration and invasion by up-regulating miR-200b/c in breast cancer under hypoxia. J Exp Clin Cancer Res 5.646 郑州大学第三附属医院
10 分析环状RNA的方法综述。 Methods for analysis of circular RNAs. Wiley Interdiscip Rev RNA 4.928 美国国立卫生研究院
11 环RNA CDR1as/ciRS-7在调节肿瘤微环境中的作用:泛癌分析。 The Role of Circular RNA CDR1as/ciRS-7 in Regulating Tumor Microenvironment: A Pan-Cancer Analysis. Biomolecules 4.694 中山大学癌症中心
12 猪卵巢卵泡中circINHA作为miR-10a-5p的ceRNA来上调CTGF抵抗颗粒细胞凋亡。 circINHA resists granulosa cell apoptosis by up-regulating CTGF as a ceRNA of miR-10a-5p in pig ovarian follicles. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech 4.599 南京农业大学
13 环状RNA_000926的下调通过miRNA-411依赖性CDH2抑制减弱肾细胞癌进展。 Down-Regulation of Circular RNA_000926 Attenuates Renal Cell Carcinoma Progression through microRNA-411-Dependent CDH2 Inhibition. Am J Pathol 3.762 西安交通大学附属第二医院
14 鉴定爱德华氏菌感染期间牙鲆肠道中潜在的免疫相关circRNA-miRNA-mRNA调控网络。 Identification of Potential Immune-Related circRNA-miRNA-mRNA Regulatory Network in Intestine of Paralichthys olivaceus During Edwardsiella tarda Infection. Front Genet 3.517 青岛农业大学
15 环状RNA-4099通过下调L02细胞中的microRNA-706加重过氧化氢诱导的损伤。 Circular RNA 4099 aggravates hydrogen peroxide-induced injury by down-regulating microRNA-706 in L02 cells. Life Sci 3.448 滨州医学院
16 环状RNA ciRS-7通过作为miR-1299海绵起到靶向EGFR信号传导的作用来抑制ESCC细胞的自噬。 Circular RNA ciRS-7 inhibits autophagy of ESCC cells by functioning as miR-1299 sponge to target EGFR signaling. J Cell Biochem 3.448 河北医科大学第四医院
17 在胃腺癌中构建环状RNA-microRNA-messengerRNA调控网络。 Construction of a circular RNA-microRNA-messengerRNA regulatory network in stomach adenocarcinoma. J Cell Biochem 3.448 南方医科大学附属上海奉贤区中心医院等
18 沉默环状RNA circ_0010729通过上调microRNA-145-5p保护人心肌细胞免受氧-葡萄糖剥夺诱导的损伤。 Silencing circular RNA circ_0010729 protects human cardiomyocytes from oxygen-glucose deprivation-induced injury by up-regulating microRNA-145-5p. Mol Cell Biochem 2.884 济宁医学院附属医院
19 CircRNA_100876通过海绵吸附microRNA-361-3p促进乳腺癌细胞的增殖和转移。 CircRNA_100876 promote proliferation and metastasis of breast cancer cells through adsorbing microRNA-361-3p in a sponge form. Eur Rev Med Pharmacol Sci 2.721 南昌大学
20 环状RNA-PRMT5通过海绵吸附miR-377/382/498上调EZH2促进非小细胞肺癌增殖。 Circular RNA circ-PRMT5 facilitates non-small cell lung cancer proliferation through upregulating EZH2 via sponging miR-377/382/498. Gene 2.638 北京朝阳医院
21 癌症中的环状RNA:对卵巢癌功能和影响的新见解。 Circular RNAs in cancer: new insights into functions and implications in ovarian cancer. J Ovarian Res 2.469 伊朗设拉子医科大学
22 circRNA可能成为先兆子痫的新生物标志物吗? Could circRNA be a new biomarker for pre-eclampsia? Mol Reprod Dev 2.124 伊朗卡尚医科大学
23 经环状RNA表达谱,hsa_circ_0011460被鉴定为严重先兆子痫中的新分子。 Circular RNA expression profiling identifies hsa_circ_0011460 as a novel molecule in severe preeclampsia. Pregnancy Hypertens 1.992 武汉大学人民医院等

 

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