欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索（收集最新发布的circRNA文献共计26篇，下面我们一起来看看，circRNA研究最近有哪些新进展。检索式：circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]
1、：Kaposi肉瘤相关疱疹病毒编码的circRNA在感染的肿瘤组织中表达并整合到病毒体中。
标题：Kaposi’s Sarcoma-Associated Herpesvirus-Encoded circRNAs Are Expressed in Infected Tumor Tissues and Are Incorporated into Virions.
杂志：mBio
IF：6.747
通讯作者：Patrick S. Moore, Yuan Chang（美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家过敏和传染病研究所）
最近发现，Kaposi肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）可从多个KSHV基因产生环状RNA（circRNA），其中大部分来自K10（病毒干扰素调节因子4 [vIRF4]），K7.3和聚腺苷酸化核（PAN）RNA。该研究为了定义这些circRNA的表达，检查了感染KSHV的细胞系，患者组织和纯化的病毒粒子。在六种原发性渗出性淋巴瘤（PEL）细胞系的测试中普遍检测到KSHV circRNA的表达，KSHV和 Epstein-Barr病毒双重感染紧密潜伏的BC-1细胞中高表达，仅KSHV感染的BCBL-1个细胞中低水平表达。尽管病毒感染诱导线性vIRF4 RNA的激活，但是对应于特定KSHV环化位点（circ-vIRF4）的RNA却被最小限度地诱导。原位杂交实验结果显示在未诱导的PEL细胞circ-vIRF4表达丰富。在感染KSHV分子克隆的BrK.219细胞中，通过核酸梯度纯化出三种核酸酶保护形式的KSHV circRNA。其中，circ-vIRF4以去除内含子形式输出到细胞质，并包装进病毒颗粒，circ-vIRF4的半衰期是其线性对应物的半衰期的两倍。通过在存档组织中进行原位杂交实验和在储存25年以上的血清中进行逆转录PCR（RT-PCR），可以检测到KSHV circRNA的速率高于其对应的线性对应物。总之，KSHV circRNA在感染相关疾病中表达，可以根据病毒的生命周期进行调节，并掺入病毒颗粒中进行预先递送，提示其在早期感染中具有潜在功能。
图注：KSHV circRNA包装进病毒颗粒
2、：CIRCexplorer3-CLEAR：直接比较环状和线性RNA表达的分析流程。
标题：CIRCexplorer3-CLEAR: A Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression.
杂志：Genomics Proteomics & Bioinformatics
IF：6.597
通讯作者： 杨力（中国科学院上海营养与健康研究所）
由于外显子反向剪接产生的环状RNA（circRNA）序列与从相同基因位点转录的同源线性RNA的序列完全重叠，但其反向剪接连接（BSJ）位点除外。因此，从RNA-seq数据集中检查全局circRNA的表达通常依赖于跨BSJ位点的RNA-seq 片段（reads）的检测，这与通过映射到整个参考基因组的归一化RNA-seq片段对线性RNA表达的定量不同。因此，以全基因组方式直接比较来自同一基因位点的环状和线性RNA表达仍然具有挑战性。该研究中，研究者对先前报告的CIRCexplorer pipeline更新到版本3，以从消化核糖体RNA的RNA-seq（CIRCexplorer3-CLEAR）中进行circRNA和线性RNA表达分析。定义了一种新的定量参数，即每十亿个碱基对的片段数（FPB），用于通过映射到circRNA特异性BSJ位点或线性RNA特异性剪接点（SJ）位点的片段分别评估环状和线性RNA的表达。通过将FPBcirc除以FPBlinear来生成CIRCscore，可以直接比较圆形和线性RNA表达水平，该值使用线性RNA表达水平作为背景来表征相对circRNA的表达水平。CIRCexplorer3-CLEAR可以很容易地鉴定出具有线性RNA低表达背景的高表达同源circRNA，以进行进一步研究。CIRCexplorer3-CLEAR分析流程可从GitHub网站免费获取：https://github.com/YangLab/CLEAR。
3、：环状RNA circ_001621海绵吸附miR-578后调节VEGF表达来促进骨肉瘤细胞增殖和迁移。
标题：Circular RNA circ_001621 promotes osteosarcoma cells proliferation and migration by sponging miR-578 and regulating VEGF expression.
杂志：Cell Death & Disease
IF：5.959
通讯作者： 贺明（中国医科大学附属盛京医院骨外科）
尽管血管内皮生长因子（VEGF）在骨肉瘤中分子机制研究方面已取得重要进展，但靶向VEGF依赖性骨肉瘤的策略还是很有限。该研究中，研究者通过circRNA微阵列技术发现circ_001621是显著上调，且circ_001621高表达的骨肉瘤患者的生存时间较短。此外，通过在线数据库分析发现了circ_001621的几种潜在的海绵化miRNA。在候选的miRNA中，作者阐明了circ_001621和miR-578的关联，并实验观测到circ_001621 / miR-578 / VEGF在体外和体内的相互作用。结果表明，circ_001621分别通过减弱miR-578对细胞周期蛋白依赖性激酶4（CDK4）和基质金属肽酶9（MMP9）的抑制作用来促进骨肉瘤的增殖和迁移。进一步裸鼠实验证明circ_001621促进骨肉瘤转移。该研究评估了circ_001621增强骨肉瘤进展的机制，并为晚期骨肉瘤提供了新的治疗靶标。
图注：动物实验结果表明circ_001621促进骨肉瘤转移。
文献列表：
| 序号 | 主要内容 | 论文标题 | 杂志 | IF | 单位 |
| 1 | Kaposi肉瘤相关疱疹病毒编码的circRNA在感染的肿瘤组织中表达并整合到病毒体中。 | Kaposi’s Sarcoma-Associated Herpesvirus-Encoded circRNAs Are Expressed in Infected Tumor Tissues and Are Incorporated into Virions. | mBio | 6.747 | 美国国立卫生研究院 |
| 2 | CIRCexplorer3-CLEAR：可直接比较环状和线性RNA表达的分析流程。 | CIRCexplorer3-CLEAR: A Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression. | Genomics Proteomics Bioinformatics | 6.597 | 中国科学院上海营养与健康研究所 |
| 3 | 环状RNA circ_001621海绵吸附miR-578后调节VEGF表达来促进骨肉瘤细胞增殖和迁移。 | Circular RNA circ_001621 promotes osteosarcoma cells proliferation and migration by sponging miR-578 and regulating VEGF expression. | Cell Death Dis | 5.959 | 中国医科大学附属盛京医院 |
| 4 | CircNF1-419可改善AD类小鼠的肠道微生物组结构和功能。 | CircNF1-419 improves the gut microbiome structure and function in AD-like mice. | Aging (Albany NY) | 5.515 | 广东省微生物研究所 |
| 5 | 长非编码RNA 3通过靶向miR-128-3p在全反式维甲酸诱导的羊膜上皮细胞神经源性分化中增加神经元特异性基因的表达。 | Long Non-coding RNA Maternally Expressed 3 Increases the Expression of Neuron-Specific Genes by Targeting miR-128-3p in All-Trans Retinoic Acid-Induced Neurogenic Differentiation From Amniotic Epithelial Cells. | Front Cell Dev Biol | 5.206 | 济宁医学院等 |
| 6 | 胞外囊泡传递的环状RNA has_circ_0000190抑制骨肉瘤的进展。 | Extracellular nanovesicles-transmitted circular RNA has_circ_0000190 suppresses osteosarcoma progression. | J Cell Mol Med | 4.658 | 中国医学科学院肿瘤医院 |
| 7 | 环状RNA circVAPA通过海绵吸附miR-130a-5p调节乳腺癌细胞的迁移和侵袭。 | Circular RNA circVAPA regulates breast cancer cell migration and invasion via sponging miR-130a-5p. | Epigenomics | 4.404 | 南京中医药大学等 |
| 8 | 鉴定circRNA-miRNA网络以探索乳腺癌的基本预后策略。 | Identification of circRNA-miRNA networks for exploring an underlying prognosis strategy for breast cancer. | Epigenomics | 4.404 | 南京医科大学附属第一医院等 |
| 9 | Docker4Circ：从RNA-Seq数据表征circRNA的可重复分析框架。 | Docker4Circ: A Framework for the Reproducible Characterization of circRNAs from RNA-Seq Data. | Int J Mol Sci | 4.183 | 意大利都灵大学 |
| 10 | 新型环状RNA（hsa_circ_0000370）通过调节miR-1299和S100A7A，可提高细胞活力并抑制FLT3-ITD阳性急性髓性白血病细胞的凋亡。 | A novel circular RNA (hsa_circ_0000370) increases cell viability and inhibits apoptosis of FLT3-ITD-positive acute myeloid leukemia cells by regulating miR-1299 and S100A7A. | Biomed Pharmacother | 3.743 | 浙江大学医学院附属儿童医院 |
| 11 | 大鼠脊髓损伤后环状环状RNA差异表达谱：时间和实验分析。 | Differential Circular RNA Expression Profiles Following Spinal Cord Injury in Rats: A Temporal and Experimental Analysis. | Front Neurosci | 3.648 | 南通大学等 |
| 12 | 环状RNA circ-EGLN3通过miR-1299介导的IRF7激活促进肾细胞癌的增殖和侵袭性。 | Circular RNA circ-EGLN3 promotes renal cell carcinoma proliferation and aggressiveness via miR-1299-mediated IRF7 activation. | J Cell Biochem | 3.448 | 齐齐哈尔医科大学附属第三医院 |
| 13 | 综述：环状RNA HIPK3（circHIPK3）及其在癌症进展中的调控。 | The circular RNA HIPK3 (circHIPK3) and its regulation in cancer progression: Review. | Life Sci | 3.448 | 江苏大学附属宜兴医院 |
| 14 | circ_LARP4的上调可通过调节miR-513b-5p/LARP4轴来抑制卵巢癌细胞的增殖和迁移。 | Up-regulation of circ_LARP4 suppresses cell proliferation and migration in ovarian cancer by regulating miR-513b-5p/LARP4 axis. | Cancer Cell Int | 3.439 | 广东省人民医院 |
| 15 | Circ-SOX4通过使miR-1270海绵化并调节PLAGL2激活WNT信号通路来驱动肺腺癌的发生和发展。 | Circ-SOX4 drives the tumorigenesis and development of lung adenocarcinoma via sponging miR-1270 and modulating PLAGL2 to activate WNT signaling pathway. | Cancer Cell Int | 3.439 | 吉林大学中日联谊医院 |
| 16 | 房颤患者心耳中环状RNA的鉴定和表征。 | Identification and characterization of circular RNAs in atrial appendage of patients with atrial fibrillation. | Exp Cell Res | 3.329 | 上海长征医院 |
| 17 | 瘢痕和正常皮肤成纤维细胞中环状RNA的表达谱和生物信息学分析。 | Expression profile and bioinformatics analyses of circular RNAs in keloid and normal dermal fibroblasts. | Exp Cell Res | 3.329 | 南昌大学第二附属医院 |
| 18 | 杨树木材形成过程中以适应低氮利用率的环状RNA的鉴定和表征。 | Identification and characterization of circular RNAs during wood formation of poplars in acclimation to low nitrogen availability. | Planta | 3.06 | 中国林业科学研究院 |
| 19 | 环状RNA的功能及其在胃癌中的潜在应用。 | Functions of circular RNAs and their potential applications in gastric cancer. | Expert Rev Gastroenterol Hepatol | 2.991 | 宁波大学医学院 |
| 20 | 股骨头坏死的骨髓干细胞中miRNA和circRNA异常表达和细胞功能发生改变。 | Changed cellular functions and aberrantly expressed miRNAs and circRNAs in bone marrow stem cells in osteonecrosis of the femoral head. | Int J Mol Med | 2.928 | 北京协和医院 |
| 21 | CDR1as / miRNA与肌肉发育和疾病相关的调控机制。 | CDR1as/miRNAs-Related Regulatory Mechanisms in Muscle Development and Diseases. | Gene | 2.638 | 四川农业大学 |
| 22 | CircRNA CDR1as基因敲低通过调节miR-219a-5p / SOX5轴抑制非小细胞肺癌的进展。 | CircRNA CDR1as knockdown inhibits progression of non-small-cell lung cancer by regulating miR-219a-5p/SOX5 axis. | Thorac Cancer | 2.524 | 西安交通大学第一附属医院 |
| 23 | 胞外囊泡circ_SLC19A1通过miR-497 / septin 2途径促进前列腺癌细胞的生长和侵袭。 | Extracellular vesicle-derived circ_SLC19A1 promotes prostate cancer cell growth and invasion through the miR-497/septin 2 pathway. | Cell Biol Int | 2.127 | 广州医科大学附属第二医院 |
| 24 | Circ_0014130通过miR-142-5p / IGF-1轴参与非小细胞肺癌细胞的增殖和凋亡。 | Circ_0014130 Participates in the Proliferation and Apoptosis of Nonsmall Cell Lung Cancer Cells via miR-142-5p/IGF-1 Axis. | Cancer Biother Radiopharm | 1.894 | 苏州大学附属第三医院 |
| 25 | 环状RNA cSMARCA5通过充当microRNA‑432海绵调节宫颈癌的进展。 | Circular RNA cSMARCA5 regulates the progression of cervical cancer by acting as a microRNA‑432 sponge. | Mol Med Rep | 1.851 | 河北沧州市中心医院 |
| 26 | 环状RNA是II / III期结肠癌术后复发的强有力的预后标志。 | A robust circular RNA-based prognostic signature for postoperative recurrence in stage II/III colon cancer. | AIMS Genet | Not Found | 中山大学肿瘤防治中心 |