circBank是一个综合性的人类circRNA数据库（http://www.circbank.cn/），其中包括不同来源的140,000多种经过注释的人类circRNAs。基于宿主基因名称，起始位置和终止位置的新命名系统被应用于circRNA的命名。除了circRNA的基本信息，如染色体定位和宿主基因，在circbank数据库中添加了circRNA的多个新特征，包括通过两种方法预测的结合的miRNAs，circRNA蛋白编码潜能，circRNA保守性，circRNA突变和circRNA甲基化情况。该数据库是公开的，允许用户根据不同的搜索标准查询circRNA信息。
南京医科大学南京第一医院普外科的曹红勇和王汉晋团队最近在Molecular Cancer（IF=7.776）上在线发表了题为“CircRNA microarray profiling identifies a novel circulating biomarker for detection of gastric cancer”的研究，发现胃癌患者血浆中circ-KIAA1244表达水平偏低，低表达水平的circ-KIAA1244与TNM分期、淋巴转移和患者总体存活时间长成负相关。而且胃癌患者血浆外泌体中也可检测到circ-KIAA1244的表达，其表达水平与血浆中的表达水平无明显差异，这提示了患者血浆circ-KIAA1244可作为诊断胃癌的新型生物标志物。
本文对胃癌患者血浆样本的circRNA表达谱分析，通过数据库筛选出合适的circRNA进行研究，结合外泌体热点分析了胃癌组织来源的circRNA有可能通过血浆外泌体介导转移效应，促进胃癌的发展，是本文的一大亮点。
- 胃癌患者血浆样本的circRNA表达谱分析
对5个正常人、10个胃癌患者（5个T1-3N0M0分期(case1)和5个T3 N1-3 M0分期(case2)的胃癌患者）的血浆样本进行circRNA表达芯片分析，case1 vs control分析结果为热图（a），火山图（b），GO、KEGG和疾病通路分析发现差异表达的基因与几个重要的生理过程、胞内组分、分子功能和重要信号通路有关（c-e）。case1 vs control分析同上，而且作者也对circRNA有可能结合哪些miRNA作了预测（补充数据未展示）。
- circ-KIAA1244的生理特性
作者从胃癌样本的circRNA表达谱分析中挑选了8种差异表达的circRNAs，体外进行了RT-qPCR验证，发现了相比于正常样本，胃癌样本的circ-KIAA1244 (hsa_circ_0130810)表达水平出现明显的下调。circ-KIAA1244是由KIAA1244基因的3–8号外显子产生的，同时利用sanger测序验证了circ-KIAA1244的全长环状序列（a）。经RNase R和放线菌素D（抑制mRNA的转录）处理后，circ-KIAA1244比其mRNA更加耐受降解（b-c），佐证了该RNA是环状的。荧光原位杂交实验证明circ-KIAA1244主要存在细胞胞浆中（d）。RIP实验显示胃癌细胞中的circ-KIAA1244主要富集在Ago2蛋白沉淀复合物中（e）;通过密码子基因公司开发的circbank数据库预测了circ-KIAA1244可结合17种miRNAs，接着利用Targetscan数据库预测了每种miRNA可结合的mRNAs（f），后续这些候选miRNAs和mRNAs将成为胃癌发生发展的机制研究的重点目标。
- circ-KIAA1244对于胃癌患者的临床意义
相比于正常对照，胃癌患者血浆、组织和胃癌细胞系中circ-KIAA1244的表达水平明显降低（a-b）；ROC曲线下的面积为0.7481，提示circ-KIAA1244的表达水平的高低可用于区分健康人和胃癌患者（c）。Kaplan-Meier OS曲线分析说明circ-KIAA1244表达低与胃癌患者存活时间短有关（d）。已有文献报道，血浆circRNAs会被包装进外泌体中运输。所以作者分离了胃癌患者血浆外泌体后，RT-qPCR检测发现circ-KIAA1244在外泌体中的表达水平与其在血浆中的表达水平无明显差异（e），说明大部分从血浆中检测到的circ-KIAA1244主要来自外泌体，而外泌体外面的circRNA相对更容易被血浆中大量的酶降解，这也提示胃癌组织来源的circ-KIAA1244通过血浆外泌体介导运输，从而促进胃癌的发生发展和转移，同时患者血浆circ-KIAA1244有可能作为诊断胃癌的新型生物标志物（f）。
参考文献
- Tang W, et al. CircRNA microarray profiling identifies a novel circulating biomarker for detection of gastric cancer. Mol Cancer. 2018 Sep 20;17(1):137. doi: 10.1186/s12943-018-0888-8.