Excel大家都不陌生,几乎每天都会用到它,可以说excel在我们日常学习研究中发挥重要作用。大部分时候我们可能只用它来进行数据记录,简单的统计绘图。实际上如果善加利用excel的函数,在很多生信分析场景下,也能帮我们解决不少问题。
两个表格数据的查询和匹配其实是一个日常使用很频繁的功能,今天跟大家交流的就是利用excel的match和index函数实现对circRNA的相关信息注释。
比如我目前正在关注肝癌(HCC)相关circRNA研究,通过前期文献阅读记录了一些跟HCC密切相关的circRNA,进一步想查看这些circRNA结合了哪些miRNA(利用circBank数据库的circRNA-miRNA预测信息),最后希望将这两种信息聚合到一张表格中便于查看分析。
注:本文以下数据仅用于演示数据分析方法
表1、HCC相关的circRNA(基于文献)
注:
CircBase_ID:环状RNA对于的circbase数据库的ID号;
Desease:疾病名称,HCC代表肝癌;
Pubmed:文献对应的pubmed ID号;
Expression:环状RNA在对应文献研究中的表达上/下调;
根据上表中环状RNA的circBase ID号通过circBank数据库,我们可以进一步收集到相关circRNA对应的circBank ID号、小鼠保守性和miRNA结合位点信息。
表2、circRNA对应小鼠保守性和circBank ID
表3、通过circBank预测到的circRNA-miRNA配对关系表
上表共有555行circRNA-miRNA关系对。
我们的目的就是将表2的信息通过circBank ID号逐一对应到表3中,这里就可以搭配使用excel中最佳查询搭档函数组合index和match,先用match找到位置,index根据match的显示对应位置的内容。我们先来看看两个函数的作用原理。
MATCH 函数:
MATCH 函数用来在指定一行或一列区域查询指定内容并返回匹配到的内容在该区域中的相对位置。MATCH 函数有三个参数,查找值,查找区域,匹配类型(0表示精确匹配)。
函数式:
这里通过match函数在L列中找到B2(hsa_circHIPK3_004)在L列中的相对位置为7。
INDEX函数:
INDEX函数用于在一个区域中,根据指定的行、列号来返回内容。
函数式:
这里index函数match到的位置7,返回了对应的内容hsa_circ_0000284。
显然这两个函数可以嵌套使用,写成=INDEX($G$2:$G$9,MATCH(B2,$L$2:$L$9,0))
函数式:
结果如下:
其他circRNA通过双击“+”填充即可。
后续保守性等注释信息列,同样可以通过上述方法注释上去。
以下即是最终我们想得到的数据。
但如果您会R语言,上述功能实现一行代码就可搞定。
—————————————————END—————————————————
报名参加“circRNA测序及数据挖掘入门培训班”,解锁更多新技能。
本期培训班由具有多年circRNA-seq高通量测序及数据分析经验,以丁向明博士领衔的专业讲师团队授课。讲师成员在circRNA测序及数据挖掘方面具有深厚研究功底,团队打造的人类circRNA综合数据库——circBank,贴近circRNA实际科研需求,上线短短两个月即被多篇Molcular Cancer、Aging-US等国际知名期刊文章引用。
授课讲师结合团队多年研究经验精心准备,从circRNA-seq实际案例出发,手把手教您通过R语言和生信工具实现circRNA差异统计分析、基因富集分析和热图、火山图、RCircos图、分子调控网络图绘制等。培训内容以基础教学为主,为零经验、想入门生信分析的您提供最佳学习路径。
培训时间:2019年8月1-2日(周四、五)
地点:广州歌尔爵斯酒店(禺东西路40-2号,广州火车东站附近)
名额有限,限报30人,报完即止;
培训费用:3000元(交通费与食宿费自理,仅提供茶歇和午餐)
优惠政策
1. 2019年7月15日前报名,优惠500元;(以汇款到账日期为准)
2. 报名前10名,可免费参加“第五届circRNA研究论坛”
3. 团购优惠:2人组团报名,每人可优惠100元、3人组团报名,每人可优惠200元、4人及以上组团报名,每人可优惠300元;
4. 发票内容为:培训费,缴费发票均在现场领取。(仅开增值税普通发票)
报名方式
1. 长按识别下方二维码,填写信息报名;
2. 邮件发送姓名、单位、电话到联系人邮箱,主题注明报名“circRNA测序分析培训班”;
3. 汇款时请务必注明学员姓名、单位,汇款后将汇款凭据电子版发送至邮箱cq@geneseed.com.cn,以确保汇款安全到账。
联系人:陈老师
联系电话:13302232899
联系邮箱:cq@geneseed.com.cn
长按二维码报名