miRNA 能够通过结合 3’UTR 对 mRNA 的丰度进行调控，也往往作为 ceRNA 调控网络的中间调节子。
miRNA 对 mRNA 的调控方式研究已经非常成熟，已有许多实验验证的结果，可以访问 miRTarBase 和 DIANA:TarBase 访问。另外也有大量 预测的结果，包括常用的 miRanda / TargetScan / miRDB 等等。
而 miRNA 与 lncRNA 和 circRNA 等非编码 RNA 的互作是在 mRNA 基础上拓展的，基本只是依据序列互补配对的特性进行的预测，常用的数据库包括
可以在线预测的软件包括
- miRanda : https://usegalaxy.eu
- RNAhybrid : http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/RNAhybrid/RNAhybrid.cgi