2020年新冠病毒在全球肆虐，已成为最重大的医学和健康问题，新冠相关的研究也成为热点和焦点问题。circRNA与mRNA一样，是基因表达的一种产物形式。病毒基因组除了表达病毒蛋白，也能形成circRNA产物。那么新冠病毒所编码的circRNA是怎样的呢？近期，有两篇文章分别报道发现了新冠病毒基因组编码的circRNA分子，下面我们就分别介绍一下这两篇文章的大致内容：
Briefings in Bioinformatics：分析三种冠状病毒编码circRNA
12月2日，OXFORD出版集团旗下Briefings in Bioinformatics杂志（IF = 8.99）在线发表了湖南大学彭友松副教授为通讯作者的文章，分析了来自MERS，SARS和新冠病毒编码的circRNA。
自2003年SARS疫情以来，SARS病毒（SARS-CoV-1），中东呼吸综合征病毒（MERS-CoV）以及今年爆发的新冠病毒（SARS-CoV-2）这三种冠状病毒严重威胁人类健康和生命安全，围绕新冠病毒的相关研究也成为今年的重点。作为一种基因表达产物，病毒或宿主编码的circRNA在病毒生命周期和感染致病机制中的研究还在进行中。这篇文章报道分析了三种新冠病毒编码circRNA的情况。概括而言，本文作者用不同的分析工具，从GEO在线数据（GSE148729，GSE139516）分析了三种病毒感染的Calu-3细胞中的circRNA。分别从MERS-CoV，SARS-CoV-1和SARS-CoV-2中分析到了28754种，720种和3437种circRNA分子。
图1 不同工具分析三种冠状病毒编码的circRNA （[1]）
三种冠状病毒所编码的circRNA对应于各自基因组坐标的分布情况如下：
图2 三种冠状病毒编码circRNA的分布 （[1]）
文中还分析了circRNA表达与病毒感染时间的关系，发现这些病毒编码的circRNA往往出现在病毒生命周期的后期阶段。ceRNA网络分析结果显示，病毒感染早期调控上调mRNA加工的通路，晚期调控了包括癌症，代谢，自噬，病毒感染等通路的基因。
bioRxiv：三种冠状病毒来源circRNA分析
12月8日，预印本杂志bioRxiv发表了暨南大学暨南大学朱桦和哈佛大学医学院Qiyi Tang教授为共同通讯作者的文章，介绍了在新冠，SARS和MERS编码circRNA的工作。
这项工作分析了GEO中GSE153940，GSE56193和 GSE139516三组在线数据，其中SARS-CoV-2和SARS-CoV-1的数据是病毒感染Vero E6细胞后所得，MERS-CoV的数据是病毒感染Calu-3细胞后所得。经过分析，本文中共分别在SARS-CoV-2，SARS-CoV-1和MERS-CoV中分析到了351种，224种和2764种circRNA分子。
图3 三种冠状病毒编码circRNA的分析 （[2]）
作者发现三种冠状病毒编码的circRNA有两个共同特征：（1）存在从病毒基因组3’端与基因组5’端之间的远距离反向剪接；（2）SARS-CoV-2和SARS-CoV的N基因以及MERS-CoV的3’UTR的区域存在局部反向剪切。本文还在新冠病毒感染的Vero E6细胞中鉴定到了超过100个circRNA分子，通过实验证明了新冠病毒存在circRNA产物。
图4 新冠病毒编码circRNA鉴定 （[2]）
参考文献
1. Zena Cai, Congyu Lu, Jun He, Li Liu, Yuanqiang Zou, Zheng Zhang, Zhaozhong Zhu, Xingyi Ge, Aiping Wu, Taijiao Jiang, Heping Zheng and Yousong Peng. Identification and characterization of circRNAs encoded by MERS-CoV, SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2. Briefings in Bioinformatics, 2020. doi: 10.1093/bib/bbaa334
2. Shaomin Yang, Hong Zhou, Ruth Cruz-Cosme, Mingde Liu, Jiayu Xu, Xiaoyu Niu, Yaolan Li, Lizu Xiao, Qiuhong Wang, Hua Zhu, Qiyi Tang. bioRxiv, 2020. doi: 10.1101/2020.12.07.415422