最近 circRNA 翻译有点忙。
继3月4日中大附一张弩教授及合作团队发表了E-Cadherin生成的circRNA能够表达促癌发展的蛋白后，3月8日中山大学眼科中心谢志教授与王宏伟教授团队在Genome Biology上发表了数据库 riboCIRC，这是在TransCirc之后的又一篇关于circRNA翻译的数据库资源。
riboCIRC是翻译组数据导向型数据库，探索了3168套已有的Ribo-seq以及1970套配对的RNA-seq，囊括了314个研究以及21个物种。最后，通过配对Ribo-seq/RNA-seq 捕获了大约两千多个circRNAs具有翻译潜能。
同时，和TransCirc一样，riboCirc综合了许多与翻译相关的信息，包括：
• 跨物种保守性
• cORF(circRNA ORF) 信息
• IRES 信息
• m6A 修饰
• 多肽注释（结构/亚细胞定位等）
• MS 质谱信息
• Primer 设计
• circRNA 图形展示
• 实验验证的 circRNAs
网址：http://www.ribocirc.com/index.html
与 TransCirc 比较
数据来源
图1 riboCIRC数据构建示意图
数据库展示
图2 数据库主要结果展示
局限性讨论
• 实际上，用传统 3nt 周期性密码子模式来识别正在翻译的 circRNA 并不合适，特别是要区分 circular 与 linear reads。
• ribo-seq 捕获到的 circRNAs 并不一定是正处于翻译的 。
• riboCIRC 所有结果都有待进一步的实验验证。