欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计47篇，下面我们一起来看看，circRNA研究最近有哪些新进展。
检索式：(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]
1、利用纳米孔测序和CIRI-long算法高效鉴定环状RNA 全长转录本
标题：Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long
杂志：Nat Biotechnol. 影响因子：36.558
通讯作者：赵方庆研究员（中科院北京生命科学研究院）
考虑到circRNA的内部序列与线性mRNA分子高度相似，在数据中很难区分来自环形RNA和线性RNA分子的读段，针对长度较长的circRNA分子（>500bp）时，二代测序方法受限于读长限制，目前无法实现全长circRNA的高通量检测。赵方庆教授研究团队构建并优化了环形RNA建库流程，使用随机引物对circRNA进行滚环反转录扩增，结合片段长度筛选 (~1kb)，针对长度更长的目标cDNA片段进行富集，最后使用纳米孔测序技术，实现了对目标circRNA的全长序列进行直接测定。同时研究团队还开发了一种算法——CIRI-long来重建circRNA的序列。为了评估CIRI-long方法的准确性和效率，研究人员利用模拟数据和多次实验重复，对CIRI-long结果进行了综合评估，发现该方法具有较高的灵敏度，并且与实验结果保持了高度的一致性。同时，结合二代测序结果以及公共数据库的全面分析表明，CIRI-long可以有效地对高表达circRNA进行识别，且与二代测序方法相比，CIRI-long对circRNA的检测效率有着近20倍的提升，对表达丰度较低的circRNA有着更好的识别效果，同时可以识别到长度更长的circRNA分子，大幅提升了circRNA全长的检测能力。 利用该方法，研究人员进一步发现了一类由内含子自连形成的新型circRNA分子（Intronic self-ligated circRNA）。这类circRNA具有特殊的剪接位点内侧的GT-AG信号和较高的两侧序列保守性，在之前的工作中缺乏普遍的研究。此外，研究人员在小鼠不同组织中，对内含子自连型circRNA的表达模式进行了进一步探究，并发现了Tpm1基因可以产生一个长度为767 bp的内含子自连型circRNA ——circTpm1。与Tpm1基因的其他内含子相比，该分子成环区域具有相对较高的保守性，并且与线性mRNA在组织间具有截然不同的表达模式，说明circTpm1并非其母本基因转录的副产物，可能具有一定的生物学功能。 综上，研究人员开发的基于纳米孔测序技术的circRNA全长识别流程CIRI-long，还提供了样本间整合分析的工具，并针对纳米孔测序的高错误率建立了有效校正方法，为circRNA的功能研究提供了重要的方法学工具，具有很高的应用价值。
图注：CIRI-long方法流程
2、riboCIRC：面向circRNA翻译的综合数据库
标题：riboCIRC: a comprehensive database of translatable circRNAs
杂志：Genome Biol. 影响因子：10.806
通讯作者：谢志和王宏伟教授（中山大学中山眼科中心）
riboCIRC主要是面向circRNA转录和翻译的数据库，专门用于托管、探索、分析和可视化来自多种物种的可翻译circRNA。 该数据库提供了计算预测的核糖体相关circRNA的综合信息,riboCIRC探索了3168套已有的Ribo-seq以及1970套配对的RNA-seq，囊括了314个研究以及21个物种。最后，通过配对Ribo-seq/RNA-seq 捕获了大约两千多个circRNAs具有翻译潜能。riboCirc网站综合了许多与circRNA翻译相关的信息，包括：跨物种保守性、 cORF(circRNA ORF) 信息、IRES 信息、 m6A 修饰、多肽注释（结构/亚细胞定位等）、MS 质谱信息、Primer 设计、 circRNA 图形展示和实验验证的 circRNAs。riboCirc数据库为circRNA翻译研究提供了宝贵资源。
数据库网址： http://www.ribocirc.com
图注：riboCIRC数据库网站结构
3、癌症相关成纤维细胞衍生的CXCL11通过circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3轴调节肝细胞癌细胞的迁移和肿瘤转移
标题：Cancer-associated fibroblast-derived CXCL11 modulates hepatocellular carcinoma cell migration and tumor metastasis through the circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3 axis
杂志：Cell Death Dis.影响因子：6.304
通讯作者：易勇和邱双健教授（复旦大学附属中山医院）
癌症相关成纤维细胞(carcinoma-associated fibroblasts，CAF) 是构成肿瘤微环境的最主要细胞类型。CAF通过细胞之间的直接接触或分泌多种细胞因子，与肿瘤细胞或间质细胞相互作用促进肿瘤细胞的生长、侵袭和转移，这种表型通过与同居的基质/癌细胞的串扰在肝纤维化和癌变中具有多种作用。本文中研究人员发现其中CAF衍生的细胞因子通过激活肿瘤细胞中的circRNA-miRNA-mRNA轴来增强肝细胞癌（HCC）的进展和转移。 CAF分泌的CXCL11水平明显高于正常成纤维细胞（NFs），并且CXCL11在HCC组织中，尤其是在转移组织中的表达也比癌旁组织高。 CAF衍生和实验引入的CXCL11均能促进HCC细胞迁移。同样，CAFs在原位模型中促进肿瘤迁移，如肿瘤结节数量增加，而CXCL11沉默触发了它的减少。 CXCL11刺激上调circUBAP2表达，这在HCC组织中明显高于癌旁组织。沉默circUBAP2可逆转CXCL11对IL-1β/IL-17表达和HCC细胞迁移的影响。在下游信号途径中，在CXCL11刺激下，HCC细胞中IFIT1和IFIT3的水平显著上调，而在circUBAP2沉默后，IFIT1和IFIT3的水平下调。 IFIT1或IFIT3沉默可降低IL-17和IL-1β的表达，并减弱HCC细胞的迁移能力。在本文中，circUBAP2通过海绵样吸附miR-4756抵消了miR-4756介导的对IFIT1/3的抑制作用。 miR-4756抑制作用可逆转circUBAP2沉默诱导的对IL-17和IL-1β水平以及HCC细胞迁移的影响。在原位肝癌模型中，miR-4756的抑制作用还逆转了沉默circUBAP2诱导的对转移进程的影响。
图注： circUBAP2和miR-4756对原位BALBc裸鼠肿瘤模型中肿瘤生长和肺转移的联合作用
文献列表：
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序号 |
主要内容 |
论文标题 |
杂志 |
IF |
单位 |
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1 |
利用纳米孔测序和CIRI-long算法高效鉴定环状RNA 全长转录本 |
Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long |
Nat Biotechnol. |
36.558 |
中科院北京生命科学研究院等 |
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2 |
riboCIRC：面向circRNA翻译的综合数据库 |
riboCIRC: a comprehensive database of translatable circRNAs |
Genome Biol. |
10.806 |
中山大学中山眼科中心等 |
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3 |
癌症相关成纤维细胞衍生的CXCL11通过circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3轴调节肝细胞癌细胞的迁移和肿瘤转移 |
Cancer-associated fibroblast-derived CXCL11 modulates hepatocellular carcinoma cell migration and tumor metastasis through the circUBAP2/miR-4756/IFIT1/3 axis |
Cell Death Dis. |
6.304 |
复旦大学附属中山医院等 |
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4 |
分析mRNA和microRNA高通量数据的整合方法 |
Integrative approaches for analysis of mRNA and microRNA high-throughput data |
Comput Struct Biotechnol J.Review |
6.018 |
卢森堡大学等 |
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5 |
来自不同后生动物的肝炎三角洲病毒样环状RNA编码保守的锤头状核酶 |
Hepatitis delta virus-like circular RNAs from diverse metazoans encode conserved hammerhead ribozymes |
Virus Evol. |
5.549 |
乔治城大学医学中心等 |
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6 |
肺癌上皮-间质转化相关环状RNA |
Epithelial-mesenchymal transition-related circular RNAs in lung carcinoma |
Cancer Biol Med.Review |
5.432 |
宁波大学医学院等 |
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7 |
环状RNA在胃肠道恶性肿瘤中的生物学作用和潜在的临床价值 |
Biological roles and potential clinical values of circular RNAs in gastrointestinal malignancies |
Cancer Biol Med.Review |
5.432 |
宁波大学医学院等 |
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8 |
环状RNA POSTN通过调节miR-96-5p/BNIP3轴促进心肌梗死诱发的心肌损伤和心脏重塑 |
Circular RNA POSTN Promotes Myocardial Infarction-Induced Myocardial Injury and Cardiac Remodeling by Regulating miR-96-5p/BNIP3 Axis |
Front Cell Dev Biol. |
5.201 |
中国人民解放军总医院等 |
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9 |
Circ_0088194通过miR-766-3p/MMP2轴促进类风湿关节炎成纤维细胞样滑膜细胞的侵袭和迁移 |
Circ_0088194 Promotes the Invasion and Migration of Rheumatoid Arthritis Fibroblast-Like Synoviocytes via the miR-766-3p/MMP2 Axis |
Front Immunol. |
5.085 |
南方医科大学附属南方医院等 |
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10 |
m6A RNA甲基化调控的circRNA-miRNA网络的分析和验证揭示了涉及肝细胞癌增殖的CircMAP2K4/miR-139-5p/YTHDF1轴 |
Analysis and Validation of circRNA-miRNA Network in Regulating m(6)A RNA Methylation Modulators Reveals CircMAP2K4/miR-139-5p/YTHDF1 Axis Involving the Proliferation of Hepatocellular Carcinoma |
Front Oncol. |
4.848 |
南方医科大学附属南方医院等 |
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11 |
CircHIPK3通过miR-637/AKT1途径促进胃癌的发生和发展 |
CircHIPK3 Promotes the Tumorigenesis and Development of Gastric Cancer Through miR-637/AKT1 Pathway |
Front Oncol. |
4.848 |
海军医科大学附属长征医院等 |
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12 |
circRNA在肝细胞癌的进展、诊断、预后、治疗和耐药中的最新概述 |
The Latest Overview of circRNA in the Progression, Diagnosis, Prognosis, Treatment, and Drug Resistance of Hepatocellular Carcinoma |
Front Oncol.Review |
4.848 |
广西医科大学附属第一医院等 |
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13 |
敲低circRNA circ_0087378通过调节miR-140-3p/E2F3轴抑制食管鳞状细胞癌的发生和发展 |
Knockdown of circRNA circ_0087378 Represses the Tumorigenesis and Progression of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Through Modulating the miR-140-3p/E2F3 Axis |
Front Oncol. |
4.848 |
武汉大学人民医院等 |
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14 |
测定高糖对人肾小管上皮细胞衍生的外泌体lncRNA、mRNA、circRNA和miRNA的影响 |
Determining the influence of high glucose on exosomal lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs derived from human renal tubular epithelial cells |
Aging (Albany NY). |
4.831 |
郑州大学第一附属医院等 |
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15 |
环状RNA RHOT1通过mir-106a-5p/STAT3轴促进乳腺癌的进展并抑制肥大症 |
Circular RNA RHOT1 promotes progression and inhibits ferroptosis via mir-106a-5p/STAT3 axis in breast cancer |
Aging (Albany NY). |
4.831 |
北京友谊医院等 |
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16 |
急性髓细胞白血病中环状RNA的表达失控 |
Deregulated expression of circular RNAs in acute myeloid leukemia |
Blood Adv. |
4.584 |
德国乌尔姆大学等 |
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17 |
姜黄素通过调节circ-PRKCA/miR-384/ITGB1途径抑制非小细胞肺癌的恶性肿瘤 |
Curcumin suppresses the malignancy of non-small cell lung cancer by modulating the circ-PRKCA/miR-384/ITGB1 pathway |
Biomed Pharmacother. |
4.545 |
山东中医药大学附属医院等 |
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18 |
环状RNA circANAPC2通过特发性矮小身材的miR-874-3p/SMAD3信号通路介导软骨内骨化的损害 |
Circular RNA circANAPC2 mediates the impairment of endochondral ossification by miR-874-3p/SMAD3 signalling pathway in idiopathic short stature |
J Cell Mol Med. |
4.486 |
南昌大学第二附属医院等 |
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19 |
circRNA_0068481的上调通过调节miR-646/miR-570/miR-885促进PAH患者的右室肥大 |
Up-regulation of circRNA_0068481 promotes right ventricular hypertrophy in PAH patients via regulating miR-646/miR-570/miR-885 |
J Cell Mol Med. |
4.486 |
汉中市中心医院等 |
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20 |
大肠癌中的环状RNA |
Circular RNA in colorectal cancer |
J Cell Mol Med.Review |
4.486 |
加拿大劳森健康研究所等 |
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21 |
血浆hsa_circ_0005397联合血清AFP、AFP-L3作为肝细胞癌的潜在生物标志物 |
Identification of Plasma hsa_circ_0005397 and Combined With Serum AFP, AFP-L3 as Potential Biomarkers for Hepatocellular Carcinoma |
Front Pharmacol. |
4.225 |
南通大学附属医院等 |
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22 |
CircTP63通过使miR-155-5p变海绵并上调ZBTB18来促进肝癌的进展 |
CircTP63 promotes hepatocellular carcinoma progression by sponging miR-155-5p and upregulating ZBTB18 |
Cancer Cell Int. |
4.175 |
烟台毓璜顶医院等 |
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23 |
CircRNA分析鉴定circRNF180为肝细胞癌的抑癌基因 |
CircRNA profiling identifies circRNF180 as a tumor suppressor in hepatocellular carcinoma |
Epigenomics. |
4.112 |
广西医科大学等 |
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24 |
敲低circ_0134111通过circ_0134111-miR-515-5p-SOCS1网络缓解了IL-1β诱导的人软骨细胞凋亡，炎症和细胞外基质降解 |
Circ_0134111 knockdown relieves IL-1β-induced apoptosis, inflammation and extracellular matrix degradation in human chondrocytes through the circ_0134111-miR-515-5p-SOCS1 network |
Int Immunopharmacol. |
3.943 |
中南大学湘雅第二医院等 |
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25 |
长非编码RNA和环状RNA在冠状动脉疾病中的新兴作用。 |
The Emerging Role of Long Non-coding RNAs and Circular RNAs in Coronary Artery Disease |
Front Cardiovasc Med.Review |
3.915 |
伊朗Shahid Beheshti医科大学等 |
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26 |
环状RNA参与人脐带间质基质细胞衍生的细胞外膜对心肌细胞缺氧/复氧损伤的保护作用 |
Circular RNA Involvement in the Protective Effect of Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Against Hypoxia/Reoxygenation Injury in Cardiac Cells |
Front Cardiovasc Med. |
3.915 |
深圳市儿童医院等 |
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27 |
鉴定和表征病毒编码的环状RNA |
Identifying and characterizing virus-encoded circular RNAs |
Methods. |
3.812 |
美国国立卫生研究院等 |
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28 |
环状RNA circRNA_0000094吸附microRNA-223-3p，并上调F-box和WD重复结构域抑制T细胞急性淋巴细胞白血病的进展 |
Circular RNA circRNA_0000094 sponges microRNA-223-3p and up-regulate F-box and WD repeat domain containing 7 to restrain T cell acute lymphoblastic leukemia progression |
Hum Cell. |
3.463 |
武汉大学中南医院等 |
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29 |
CircRNA_100565通过miR-337-3p/ADAM28轴调节增殖、凋亡和自噬，从而促进NSCLC细胞的顺铂耐药性 |
CircRNA_100565 contributes to cisplatin resistance of NSCLC cells by regulating proliferation, apoptosis and autophagy via miR-337-3p/ADAM28 axis |
Cancer Biomark. |
3.436 |
海南医学院第一附属医院等 |
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30 |
伤口愈合中细胞功能的表观遗传调控 |
Epigenetic regulation of cellular functions in wound healing |
Exp Dermatol.Review |
3.368 |
迈阿密大学米勒医学院等 |
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31 |
CircRNA可能不是“环形的” |
CircRNA May Not Be “Circular” |
Front Genet. |
3.258 |
江苏省人民医院等 |
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32 |
环状RNA在肝细胞癌的治疗和诊断中的作用 |
Circular RNAs Sparkle in the Diagnosis and Theranostics of Hepatocellular Carcinoma |
Front Genet.Review |
3.258 |
新加坡国家癌症中心等 |
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33 |
孤独症小鼠模型中全面的circRNA表达谱和circRNA相关的ceRNA网络的构建 |
Comprehensive circRNA Expression Profile and Construction of circRNAs-Related ceRNA Network in a Mouse Model of Autism |
Front Genet. |
3.258 |
哈尔滨医科大学药学院等 |
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34 |
UVB诱导的ciRS-7通过旁分泌效应激活黑色素生成。 |
UVB-Induced ciRS-7 Activates Melanogenesis by Paracrine Effects |
DNA Cell Biol. |
3.191 |
中南大学湘雅三医院等 |
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35 |
CircRNA谱分析揭示circ880在medaka性腺中充当miR-375-3p海绵 |
CircRNA profiling reveals circ880 functions as miR-375-3p sponge in medaka gonads |
Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. |
3.011 |
上海海洋大学等 |
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36 |
猪圆环病毒2型感染通过猪肾脏15细胞中的circPDCD4/miR-21/PDCD4轴激活NF-kb途径和细胞炎症反应 |
Porcine Circovirus Type 2 Infection Activates NF-kB pathway and Cellular Inflammatory Responses through circPDCD4/miR-21/PDCD4 Axis in Porcine Kidney 15 Cell |
Virus Res. |
2.934 |
华中农业大学等 |
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37 |
Circ_002059通过miR-182/MTSS1轴抑制胃癌细胞的增殖和迁移 |
Circ_002059 suppresses cell proliferation and migration of gastric cancer via miR-182/MTSS1 axis |
Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). |
2.836 |
安徽医科大学附属第一医院等 |
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38 |
胸腺瘤相关差异表达环状RNA的鉴定 |
Identification of differentially expressed circular RNAs associated with thymoma |
Thorac Cancer. |
2.61 |
中国医学科学院老年医学研究院等 |
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39 |
Circ_0074027通过隔离miR-2467-3p来上调RHOA，从而促进非小细胞肺癌的发展 |
Circ_0074027 contributes to non-small cell lung cancer progression through positively modulating RHOA via sequestering miR-2467-3p |
J Bioenerg Biomembr. |
2.524 |
山西省肿瘤医院等 |
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40 |
circRNA在胎儿发育，肌肉发育和家畜泌乳调控中的功能作用 |
Functional Role of circRNAs in the Regulation of Fetal Development, Muscle Development, and Lactation in Livestock |
Biomed Res Int.Review |
2.276 |
西南大学动物科学技术学院等 |
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41 |
环状RNA circ_0000467通过miR-382-5p/EN2轴调控大肠癌的发展 |
Circular RNA circ_0000467 regulates colorectal cancer development via miR-382-5p/EN2 axis |
Bioengineered. |
2.205 |
宜昌市第一人民医院。等 |
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42 |
乳腺癌中hsa_circ_0006220的下调及其与临床病理因素的关系 |
Downregulation of hsa_circ_0006220 and its correlation with clinicopathological factors in human breast cancer |
Gland Surg. |
2.19 |
中国医科大学附属第一医院等 |
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43 |
IGF2R环状RNA hsa_circ_0131235在颞叶中间皮层的表达与AD病理相关 |
IGF2R circular RNA hsa_circ_0131235 expression in the middle temporal cortex is associated with AD pathology |
Brain Behav. |
2.091 |
哈佛医学院等 |
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44 |
Circ_DOCK1通过miR-132-3p调控USP11以控制结直肠癌的进展 |
Circ_DOCK1 regulates USP11 through miR-132-3p to control colorectal cancer progression |
World J Surg Oncol. |
1.963 |
海南省人民医院等 |
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45 |
CircRNA circ_0067772通过调节miR-1238-3p/FOXG1轴来加剧皮肤鳞状细胞癌的恶性进展 |
CircRNA circ_0067772 aggravates the malignant progression of cutaneous squamous cell carcinoma by regulating miR-1238-3p/FOXG1 axis |
Genes Genomics. |
1.188 |
淮安市第一人民医院等 |
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46 |
环状RNA TRAPPC6B通过靶向microRNA-874-3p抑制巨噬细胞中的细胞自噬，同时抑制细胞内结核分枝杆菌的生长 |
Circular RNA TRAPPC6B inhibits intracellular Mycobacterium tuberculosis growth while inducing autophagy in macrophages by targeting microRNA-874-3p |
Clin Transl Immunology |
0 |
中国广东省医科大学等 |
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47 |
Hsa_circ_000425在结直肠癌中的表达规律及临床病理意义 |
The Expression Pattern and Clinicopathological Importance of Hsa_circ_000425 in Colorectal Cancer |
Int J Mol Cell Med |
0 |
伊朗加兹温医科大学等 |