欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计33篇,下面我们一起来看看,circRNA研究最近有哪些新进展。
检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]
1.m6A修饰的circIGF2BP3通过促进非小细胞肺癌中PD-L1的去泛素化,抑制CD8 + T细胞免疫应答,促进肿瘤免疫逃避
标题:N 6-methyladenosine-modified circIGF2BP3 inhibits CD8 + T-cell responses to facilitate tumor immune evasion by promoting the deubiquitination of PD-L1 in non-small cell lung cancer
杂志:Mol Cancer
影响因子:27.402
通讯作者:周永新副主任医师(同济大学附属同济医院胸心外科)和陈昶主任医师(同济大学医学院附属上海肺科医院胸外科)
背景:深入了解肿瘤中的免疫逃逸机制对于克服耐药性和实现免疫治疗的创新进展至关重要。circRNAs与癌症发展有关。然而,关于circRNAs是否影响非小细胞肺癌的免疫逃逸,仍有许多未知。
方法:作者进行生物信息学分析来分析和鉴定介导非小细胞肺癌免疫逃逸的circRNAs。荧光素酶报告分析、RIP、RNA pulldown和FISH实验鉴定circIGF2BP3、miR-328-3p、miR-3173-5p和PKP3之间的相互作用。体外T细胞介导的杀伤试验和体内同基因小鼠模型用于研究circIGF2BP3及其下游靶点PKP3在非小细胞肺癌抗肿瘤免疫中的功能作用。通过IP、RIP和泛素化分析探讨PKP3诱导PD-L1上调的分子机制。
结果:作者证实circIGF2BP3 (hsa_circ_0079587)在非小细胞肺癌中的表达增加,并与CD8+T细胞浸润呈负相关。在功能上,升高的circIGF2BP3灭活体外共培养的T细胞并损害免疫活性小鼠模型的抗肿瘤免疫,并且这种作用依赖于CD8+ T细胞。从机制上讲,如图1所示,METTL3介导circIGF2BP3的m6A修饰,并以依赖于m6A阅读蛋白YTHDC1的方式促进其环化。circIGF2BP3通过海绵化miR-328-3p和miR-3173-5p竞争性上调PKP3的表达,从而损害癌症免疫反应。此外,PKP3与RNA结合蛋白FXR1结合以稳定OTUB1 mRNA,并且OTUB1通过促进其脱泛素化提高PD-L1丰度。PD-L1缺失完全阻断了circIGF2BP3/PKP3轴对CD8+T细胞反应的影响。在Lewis肺癌小鼠模型中,抑制circIGF2BP3/PKP3增强抗PD-1治疗的疗效。
结论:作者的结果揭示了circIGF2BP3通过减少PD-L1泛素化和随后的蛋白酶体降解而导致免疫逃逸CD8+T细胞介导的杀伤功能。这项工作揭示非小细胞肺癌中PD-L1调控的新机制,并为增强抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的疗效提供理论依据。
图 1
2.CircPLCE1编码的NF-κB调控因子通过促进RPS3泛素依赖性降解抑制结直肠癌进展
标题:A novel NF-κB regulator encoded by circPLCE1 inhibits colorectal carcinoma
progression by promoting RPS3 ubiquitin-dependent degradation
杂志:Mol Cancer
影响因子:27.402
通讯作者:兰平主任医师和吴现瑞副主任医师(中山大学附属第六医院结直肠外科)
背景:NF-κB结构激活信号在结直肠癌的发生发展中起着关键作用。但是,NF-κB信号过度激活的潜在机制在很大程度上仍然未知。
方法:作者使用高通量测序来鉴定正常人肠上皮细胞系和结直肠癌细胞系之间差异表达的circRNAs。使用液相色谱-质谱联用技术鉴定由circPLCE1编码的蛋白质。通过功能增加或丧失试验在体外和体内验证新蛋白质的功能。通过免疫沉淀分析得出机理结果。
结果:如图2所示,由circPLCE1编码的一种新的蛋白circlPLCE1-411被鉴定为在结直肠癌的NF-κB信号激活中起关键作用。从机制上讲,circlPLCE1-411通过直接结合HSP90α/RPS3复合物促进RPS3从复合物中解离,从而减少CRC细胞中NFκB核移位,从而促进关键NFκB调节剂RPS3的泛素依赖性降解。在功能上,circPLCE1抑制结直肠癌细胞的肿瘤增殖和转移,以及患者来源的异种移植和原位异种移植肿瘤模型。临床上,circPLCE1在结直肠癌组织中表达下调,并与晚期临床分期和生存不良相关。
结论:circPLCE1呈现一种破坏NF-κB核转位的表观遗传机制,是一种新的有前途的治疗靶点和预后标志。
图 2
3.POSTAR3:一个用于探索RNA结合蛋白协调的转录后调控的更新平台
标题:POSTAR3: an updated platform for exploring post-transcriptional regulation coordinated by RNA-binding proteins
杂志:Nucleic Acids Res
影响因子:16.971
通讯作者:鲁志教授(清华大学生命科学学院)和Yucheng T. Yang(复旦大学)
RNA结合蛋白在转录后调控中起着关键作用。准确鉴定来自不同物种的多种细胞系和组织类型中的RBP结合位点是理解生理和病理条件下RBPs调节机制的基础。POSTAR注释过程利用公开可用的大规模CLIP-seq数据集和外部功能基因组注释以生成RBP结合位点及其与其他调控物质包括功能变体相关联的综合图谱。本篇文章介绍了POSTAR3,这是一个新的数据库,在数据收集、注释基础功能和分析方面有所改进,支持对转录后调节多方面的注释,如图3所示,包括:作者对CLIP-seq和Ribo-seq数据集进行全面更新,涵盖了更多的生物条件、技术和物种;作者增加了RBP结合位点的RNA二级结构分析;作者提供了通过degradome-seq验证的miRNA介导的降解事件;作者在circRNAs连接区域增加了RBP结合位点;作者扩展了RBP结合位点的注释,特别是使用了与疾病相关的更新的基因组变体和突变。POSTAR3在http://postar.ncrnalab.org免费提供。
图 3
4.环状RNA cia-MAF通过转录因子MAFF驱动肝癌起始细胞的自我更新和转移
标题:circular RNA cia-MAF drives self-renewal and metastasis of liver tumor-initiating cells via transcription factor MAFF
杂志:J Clin Invest
影响因子:14.800
通讯作者:朱平平教授和陈真真教授(郑州大学生命科学学院),范祖森(中国科学院生物物理研究所)
TICs(肿瘤干细胞)参与肝脏肿瘤的发生、转移、耐药和复发,但其调控机制尚不清楚。本研究作者发现一种功能性环状RNA,称为circRNA激活MAFF (cia-MAF),它在肝癌和TICs中强烈表达。cia-MAF敲除的原代细胞和cia-MAF敲除的肝脏肿瘤中TICs的比例降低,显示出肝脏肿瘤发生、自我更新和转移能力受损。相反,cia-MAF过表达会促进TICs的增殖、自我更新和转移。如图4所示,cia-MAF与MAFF启动子结合,将TIP60复合物引入MAFF启动子,最终促进MAFF表达。cia-MAF功能的丧失减弱了TIP60复合物和MAFF启动子之间的结合。MAFF在肝脏肿瘤和TICs中高表达,其反义oligo (ASO)在无MAFA/MAFG基因(CNAs)的肝癌中具有治疗潜力。本研究揭示了TICs调控和circRNA功能的相互关系,尤其在没有MAFA/MAFG基因(CNAs)的肝脏肿瘤中,为消除TICs提供了额外的靶点。
图4
文献列表
序号 | 主要内容 | 论文标题 | 杂志 | IF | 单位 |
1 | CircPLCE1编码的NF-κB调控因子通过促进RPS3泛素依赖性降解抑制结直肠癌进展 | A novel NF-κB regulator encoded by circPLCE1 inhibits colorectal carcinoma progression by promoting RPS3 ubiquitin-dependent degradation | Mol Cancer | 27.402 | 中山大学附属第六医院 |
2 | m6A修饰的circIGF2BP3通过促进非小细胞肺癌中PD-L1的去泛素化,抑制CD8 + T细胞应答,促进肿瘤免疫逃避 | N 6-methyladenosine-modified circIGF2BP3 inhibits CD8 + T-cell responses to facilitate tumor immune evasion by promoting the deubiquitination of PD-L1 in non-small cell lung cancer | Mol Cancer | 27.402 | 同济大学医学院附属上海肺科医院胸外科,同济大学医学院附属同济医院胸外科 |
3 | POSTAR3:一个更新的平台,用于探索rna结合蛋白协调的转录后调控 | POSTAR3: an updated platform for exploring post-transcriptional regulation coordinated by RNA-binding proteins | Nucleic Acids Res | 16.971 | 清华大学生命科学学院,复旦大学 |
4 | 环状RNA cia-MAF通过转录因子MAFF驱动肝癌起始细胞的自我更新和转移 | circular RNA cia-MAF drives self-renewal and metastasis of liver tumor-initiating cells via transcription factor MAFF | J Clin Invest | 14.801 | 郑州大学生命科学学院 |
5 | 基于LSTM的深度序列学习体系结构预测环状circRNAs上RBP结合位点 | Prediction of RBP binding sites on circRNAs using an LSTM-based deep sequence learning architecture | Brief Bioinform | 11.621 | 桂林理工大学信息科学与工程学院 |
6 | circURI1与hnRNPM相互作用,通过调节选择性剪接抑制胃癌转移 | CircURI1 interacts with hnRNPM to inhibit metastasis by modulating alternative splicing in gastric cancer | Proc Natl Acad Sci U S A | 11.204 | 中国科学院合肥物质科学研究院,中国科学技术大学 |
7 | FUS诱导的circRHOBTB3通过miR-600/NACC1介导的自噬反应促进胰腺导管腺癌细胞增殖 | FUS-induced circRHOBTB3 facilitates cell proliferation via miR-600/NACC1 mediated autophagy response in pancreatic ductal adenocarcinoma | J Exp Clin Cancer Res | 11.161 | 南京医科大学第一附属医院肝胆胰外科 |
8 | 非编码RNA在皮肤癌中的失调 | Non-coding RNA dysregulation in skin cancers | Essays Biochem | 8.003 | 意大利博洛尼亚大学实验、诊断和专业医学系 |
9 | 环境PM2.5诱发小鼠心肌肥厚的潜在分子机制 | Potential molecular mechanism of cardiac hypertrophy in mice induced by exposure to ambient PM 2.5 | Ecotoxicol Environ Saf | 6.290 | 河北医科大学 |
10 | Hsa_circ_0134111通过调节miR-224-5p/CCL1相互作用促进骨关节炎进展 | Hsa_circ_0134111 promotes osteoarthritis progression by regulating miR-224-5p/CCL1 interaction | Aging (Albany NY) | 5.684 | 连云港市第一人民医院影像科 |
11 | 环状RNA circRHOT1通过招募KAT5表观遗传增强C-MYC表达,有助于非小细胞肺癌的发病机制 | Circular RNA circRHOT1 contributes to pathogenesis of non-small cell lung cancer by epigenetically enhancing C-MYC expression through recruiting KAT5 | Aging (Albany NY) | 5.680 | 中国医科大学第一附属医院麻醉科 |
12 | circPVT1在各种癌症中的临床病理和预后作用 | Clinicopathologic and prognostic roles of circular RNA plasmacytoma variant translocation 1 in various cancers | Expert Rev Mol Diagn | 5.220 | 中南大学湘雅第二医院 |
13 | PM2.5暴露后,circ_Cabin1通过抑制非同源末端连接修复促进多个小鼠器官的DNA损伤 | Circular RNA circ_Cabin1 promotes DNA damage in multiple mouse organs via inhibition of non-homologous end-joining repair upon PM 2.5 exposure | Arch Toxicol | 5.150 | 广州医科大学 |
14 | Hsa_circ_0023990通过靶向miR-485-5p/FOXM1轴促进去分化TC的肿瘤生长和糖酵解 | Hsa_circ_0023990 promotes tumor growth and glycolysis in dedifferentiated TC via targeting miR-485-5p/FOXM1 axis | Endocrinology | 4.731 | 南昌大学第一附属医院 |
15 | 类似胞苷的咔唑衍生的氮氧化物:DNA和RNA的刚性自旋标记 | A Carbazole-Derived Nitroxide That Is an Analogue of Cytidine: A Rigid Spin Label for DNA and RNA | J Org Chem | 4.354 | 冰岛大学化学系 |
16 | CircUBAP2通过miR-582-5p/FOXO1信号增强自噬,促进结肠癌进展和转移 | CircUBAP2 enhances autophagy and promotes colon cancer progression and metastasis via miR-582-5p/FOXO1 signaling | J Genet Genomics | 4.270 | 徐州医科大学细胞生物学教研室 |
17 | 线性和环状lncRNAs在阿尔茨海默病中的表达 | Expression of Linear and Circular lncRNAs in Alzheimer’s Disease | J Mol Neurosci | 3.441 | 伊朗德黑兰Shahid Beheshti医科大学, |
18 | CircRNA RPPH1通过调控miR-542-3p/ARHGAP1通路促进乳腺癌发展的加重 | circRNA RPPH1 Facilitates the Aggravation of Breast Cancer Development by Regulating miR-542-3p/ARHGAP1 Pathway | Cancer Biother Radiopharm | 3.094 | 北京协和医学院肿瘤研究所 |
19 | Circ-ATAD1在子宫内膜癌中下调,通过甲基化下调miR-10a抑制细胞侵袭和迁移 | CircRNA circ-ATAD1 is downregulated in endometrial cancer and suppresses cell invasion and migration by downregulating miR-10a through methylation | Mamm Genome | 2.954 | 内蒙古医科大学附属医院妇产科 |
20 | 环状RNA OMA1通过miR – 1276/SIRT4轴调控乳腺癌的进展 | Circular RNA OMA1 regulates the progression of breast cancer via modulation of the miR1276/SIRT4 axis | Mol Med Rep | 2.950 | 宁波市医疗中心东方荔晖医院超声科 |
21 | Circ_0099999/miR-330-5p/FSCN1 ceRNA调控网络在胰腺癌中的作用 | A novel circ_0099999/miR-330-5p/FSCN1 ceRNA crosstalk in pancreatic cancer | Autoimmunity | 2.810 | 湖北省肿瘤医院 |
22 | 宫颈癌发展中circ_0018289/miR-183-5p/TMED5调控网络的鉴定 | Identification of a novel circ_0018289/miR-183-5p/TMED5 regulatory network in cervical cancer development | World J Surg Oncol | 2.751 | 重庆医科大学第二附属医院妇产科 |
23 | 沉默circ_0000517通过调节miR-330-5p/YY1信号通路抑制非小细胞肺癌的增殖、糖酵解和谷氨酰胺分解 | Silencing of circ_0000517 suppresses proliferation, glycolysis, and glutamine decomposition of non-small cell lung cancer by modulating miR-330-5p/YY1 signal pathway | Kaohsiung J Med Sci | 2.744 | 中国北京协和医院胸外科 |
24 | Circ_0006174通过海绵吞噬microRNA-142-3p和调节X -连锁凋亡抑制物表达促进结直肠癌进展 | Circ_0006174 promotes colorectal cancer progression by sponging microRNA-142-3p and regulating X-linked inhibitor of apoptosis expression | Int J Biol Markers | 2.651 | 贵州省人民医院,贵州中医药大学第一附属医院 |
25 | CV-A16感染SH-SY5Y细胞的circRNA表达模式和circRNA- mirna – mrna网络 | circRNA expression patterns and circRNA-miRNA-mRNA networks during CV-A16 infection of SH-SY5Y cells | Arch Virol | 2.571 | 昆明理工大学附属医院,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 |
26 | Hsa_circ_001888在胃癌中的表达减少及其临床意义 | Reduced expression of circRNA hsa_circ_001888 in gastric cancer and its clinical significance | J Clin Lab Anal | 2.354 | 宁波市第一医院消化内科 |
27 | Hsa_circ_0004674通过调控miR-342-3p/FBN1轴促进骨肉瘤对阿霉素耐药 | Hsa_circ_0004674 promotes osteosarcoma doxorubicin resistance by regulating the miR-342-3p/FBN1 axis | J Orthop Surg Res | 2.352 | 荆门市第一人民医院药剂科 |
28 | CircASAP1通过海绵吞噬miR-338-3p上调RPP25促进宫颈癌的发展 | CircASAP1 promotes the development of cervical cancer through sponging miR-338-3p to upregulate RPP25 | Anticancer Drugs | 2.240 | 云南省昆明市昆明市第三人民医院妇产科 |
29 | Circ_0005875海绵miR-502-5p通过上调E26转化特异性-1促进肾细胞癌进展 | Circ_0005875 sponges miR-502-5p to promote renal cell carcinoma progression through upregulating E26 transformation specific-1 | Anticancer Drugs | 2.240 | 湖北医科大学襄阳第一人民医院,湖北恩施土家族苗族自治州中心医院 |
30 | Hsa_circ_0014879通过miR-519-3p/CDC25A轴调控食管鳞癌放射敏感性 | Hsa_circ_0014879 regulates the radiosensitivity of esophageal squamous cell carcinoma through miR-519-3p/CDC25A axis | Anticancer Drugs | 2.240 | 徐州医科大学附属宿迁医院,苏州大学附属第一医院,南京医科大学附属宿迁第一人民医院 |
31 | Circ-DONSON通过调控miR-149-5p/LDHA轴促进胃癌恶性进展 | Circ-DONSON Facilitates the Malignant Progression of Gastric Cancer Depending on the Regulation of miR-149-5p/LDHA Axis | Biochem Genet | 1.890 | 温州医科大学附属台州市医院,台州市人民医院 |
32 | RAAS相关hsa_circ_0122153和hsa_circ_0025088在原发性高血压中的潜在作用 | The potential role of RAAS-related hsa_circ_0122153 and hsa_circ_0025088 in essential hypertension | Clin Exp Hypertens | 1.744 | 宁波大学医学院 |
33 | 从嗜热厌氧消化反应器处理分离出聚l -乳酸的嗜热厌氧菌Strain Kuro-4的全转录测序 | Complete Genome Sequence of Gelria sp. Strain Kuro-4, a Thermophilic Anaerobe Isolated from a Thermophilic Anaerobic Digestion Reactor Treating Poly(L-Lactic Acid) | Microbiol Resour Announc | Not Found | 丰桥工业大学应用化学与生命科学系 |