circRNA研究汇总 | 20230206-0212

杂志：Proc Natl Acad Sci USA

影响因子：12.779

通讯作者：Joseph M Ziegelbauer（美国国家癌症研究所）

背景：

环状RNA（circRNAs）是单链、封闭的环状RNA，与其他RNA或蛋白质结合以调节其功能。circRNA在病毒感染过程中的重要性在很大程度上是难以捉摸的。在这里，作者鉴定了一种circRNA，hsa_cir_0001400，在感染包括卡波西肉瘤疱疹病毒（KSHV）在内的各种致病性病毒时被诱导，并控制病毒和人类基因的表达，从而使感染的人类细胞产生更少的病毒，但细胞生长更好。KSHV有两个阶段：潜伏循环和溶解循环。circ_0001400使细胞偏向于潜伏周期，在潜伏周期中，病毒只表达有限数量的基因，以在宿主的生命中存活。我们的结果揭示了一种新的病毒-宿主相互作用，通过circRNA来维持感染致癌病毒后的潜伏期。

综上所述，作者鉴定了一种促生长和抗裂解复制的circRNA。这些结果支持KSHV诱导circ_0001400表达以维持延迟的模型。由于circ_0001400是由多种病毒诱导的，这种新的病毒策略可能被其他病毒广泛采用。

has_circ_001400对PI3K/AKT通路相关基因的调节

杂志：J Exp Clin Cancer Res

影响因子：12.658

通讯作者：杨海伟（南京医科大学第一附属医院）

背景：

膀胱癌（BCa）患者对免疫治疗的反应率仍然相对较低。考虑到circRNA的稳定存在和在肿瘤代谢中的重要功能，circRNA在调节免疫逃逸和免疫治疗敏感性中的作用正受到越来越多的关注。

对五对BCa样品进行circRNA（circRNA）测序，并筛选出circFAM13B（hsa_cir_0001535），因为其在BCa中的表达非常低。进行了进一步的mRNA测序，证实了circFAM13B与糖酵解过程和CD8+T细胞活化的关联。circFAM13B的功能通过增殖试验、糖酵解试验、BCa细胞-CD8+T细胞共培养试验和人免疫重建NOG小鼠中的肿瘤发生实验得到验证。进行生物信息学分析、RNA–蛋白质下拉、质谱、RNA免疫沉淀、荧光素酶报告物测定和荧光原位杂交，以验证HNRNPL/cirFAM13B/IGF2BP1/PKM2级联。

在BCa中观察到circFAM13B的低表达，并且与BCa患者的肿瘤分期较低和预后较好呈正相关。circFAM13B可促进CD8+T细胞的功能，并可减弱BCa细胞的糖酵解作用，逆转酸性肿瘤微环境（TME）。从机制上讲，circFAM13B与IGF2BP1的KH3-4结构域竞争性结合，随后降低了IGF2BP1和PKM2 3’UTR的结合。因此，PKM2 mRNA的稳定性降低，糖酵解诱导的酸性TME受到抑制。

HNRNPL诱导的circFAM13B/IGF2BP1/PKM2调节和功能网络的模式

杂志：J Neuroinflammation

影响因子：9.587

通讯作者：Dirk Reinhold（德国马格德堡奥托·冯·盖里克大学）

背景：

新冠肺炎患者可能有各种神经症状，但中枢神经系统（CNS）在新冠肺炎中的积极参与尚不清楚。虽然新冠肺炎神经系统症状患者的常规脑脊液（CSF）分析通常显示没有或只有轻度炎症，但关于新冠肺炎患者CSF中炎症介质的更详细数据却很少。作者研究了新冠肺炎患者配对脑脊液和血清样本的炎症反应（n=38）。单纯疱疹病毒性脑炎（HSVE，n=10）患者和非炎性、非神经退行性神经疾病患者（n=28）作为对照。使用蛋白质组学、酶联免疫测定和半定量细胞因子阵列来表征炎症蛋白。用基于细胞的测定和天然组织染色进行自身抗体筛选。对长非编码RNA和环状RNA进行RNA测序以研究转录组。

单蛋白水平的蛋白质组学和随后的通路分析显示，与HSVE患者相比，新冠肺炎患者脑脊液中的炎症变化类似但强烈减弱。重要的是，白介素-6、白介素-16和CXCL10 CSF/血清指数的计算表明，这些炎症介质从全身循环到达CSF，而不是在CNS内产生。抗体筛查未发现已知神经元自身抗体的病理水平。将新冠肺炎患者分为有和无细菌重叠感染的患者，如降钙素原水平升高所示，细菌重叠感染患者的炎症标记物显著升高（p<0.01）。脑脊液中的RNA测序显示，101个线性RNA包含信使RNA，两个circRNAs在新冠肺炎中的表达与非神经炎症对照组和神经退行性疾病患者显著不同。尽管存在SARS-CoV2感染相关的神经系统症状，该文章的研究结果可能解释了常规脑脊液检测时没有鞘内炎症的迹象。脑脊液中血液衍生炎症介质与神经性新冠肺炎和新冠肺炎后症状的相关性值得进一步研究。