影响因子：19.160
通讯作者：Shigetoshi Kameda（日本京都大学iPS细胞研究与应用中心）
背景：
合成信使RNA（mRNA）作为基于mRNA的治疗和疫苗的一种新兴应用被广泛关注。最近，合成环状RNA（circRNAs）也已显示出作为一类新的合成mRNA的前景，能够在细胞中实现优异的稳定性和持久的基因表达。然而，circRNA的翻译控制仍然具有挑战性。该项研究提出了“circRNA开关”，能够通过检测细胞内RNA或蛋白质来控制circRNA的蛋白质表达。作者通过将miRNA结合序列或蛋白质结合序列分别插入非翻译区（UTR）或柯萨奇病毒B3内部核糖体进入位点（CVB3 IRES），设计了microRNA（miRNA）和蛋白质响应性circRNA开关。工程化的circRNA在不诱导严重细胞毒性和免疫原性的情况下有效表达报告蛋白，并对靶miRNA或蛋白质作出反应，以细胞类型特异性的方式控制circRNA的翻译水平。此外，我们构建了基于circRNA的基因电路，通过连接miRNA和蛋白质响应性circRNA，通过检测内源性miRNA来选择性地激活翻译。在持续表达水平方面，设计的circRNA电路比基于线性mRNA的电路表现更好。合成circRNA装置为RNA工程提供了新的见解，并在RNA合成生物学和治疗方面具有潜力。
影响因子：17.694
通讯作者：陈真真（郑州大学生命科学学院）
背景：
肝肿瘤起始细胞（TICs）有助于肿瘤的起始、转移、进展和耐药性。代谢重编程是癌症的标志，在肝脏肿瘤发生中起着至关重要的作用。然而，代谢重编程在TIC中的作用仍有待研究。作者在该项研究中鉴定了一种线粒体编码的环状RNA，称为mcPGK1（用于转移磷酸甘油酸激酶1的线粒体环状RNA），它在肝脏TIC中高度表达。mcPGK1敲低会损害肝脏TIC的自我更新，而其过表达会驱动肝脏TIC自我更新。在机制上，mcPGK1通过抑制线粒体氧化磷酸化（OXPHOS）和促进糖酵解来调节代谢重编程。这改变了细胞内α-酮戊二酸和乳酸的水平，它们是Wnt/β-连环蛋白激活和肝脏TIC自我更新的调节剂。此外，mcPGK1通过TOM40相互作用促进PGK1线粒体导入，通过PGK1-PDK1-PDH轴将代谢从氧化磷酸化重新编程为糖酵解。这项研究成果表明，线粒体编码的circRNA是控制线粒体功能、代谢重编程和肝脏TIC自我更新的额外调节层。
影响因子：13.994
通讯作者：彭佳杰（西北理工大学计算机科学学院）
背景：
新的研究表明，环状RNA（circRNAs）参与多种生物过程，并在疾病诊断、治疗和推断中发挥关键作用。尽管已经开发了包括传统的机器学习和深度学习等多种方法以预测circRNA与疾病之间的关联，但circRNA的生物学功能尚未得到充分开发。一些方法基于不同的观点探索了与疾病相关的circRNA，但如何有效地使用circRNA的多视图数据仍然没有得到很好的研究。因此，该项研究提出了一种基于协同学习和circRNA多视图功能注释的计算模型来预测潜在的circRNA疾病关联。首先，作者提取circRNA多视图功能注释并分别构建circRNA关联网络，以实现有效的网络融合。然后，设计了多视图信息的协同深度学习框架，以获取circRNA多源信息特征，充分利用circRNA多视图信息之间的内在关系。作者还构建了一个由circRNA和疾病组成的网络，并提取circRNA与疾病的一致性描述信息。最后，作者基于图形自动编码器预测了circRNA与疾病之间的潜在关联。
与现有模型相比，该计算模型在预测候选疾病相关circRNA方面具有更好的性能。此外，这表明了该方法的高度实用性，作者使用几种常见疾病作为案例研究，以发现与它们相关的一些未知的circRNA。实验表明，CLCDA可以有效地预测疾病相关的circRNA，并有助于人类疾病的诊断和治疗。
不同预测模型的性能
