上期给一位好学的网友介绍了基因&通路关联网络图之后,我们乘胜追击,继续给大家介绍富集分析的新样式。
一、介绍
来欣赏一下这个图:
这货乍一看是不是有点像二维码?但它可扫不了,因为它是一个半吊子(bushi)。
其实,它也是一种热图,是不是觉得不可思议?我们通常见到的热图都是密集排列的,哪会出现这么大的空隙呢?确实,同为热图,但它似乎却没那么“热”,因为它展示的只是基因和通路的关系,而通路中包含的基因不尽相同,比如这个基因在某条通路中存在,但是在另一条通路中却未必存在,所以排列的结果就变成了稀疏和零散的样子。此“热图”非彼“热图”。
那这种甚至有点“冷”的热图有何用途呢?
有时候,如果我们希望显示大量重要的通路,那么基因&通路关联网络图可能会变得过于繁杂且不美观,而热图可以简化结果,更容易识别表达模式,更直观地展示所选基因和通路之间的关系以及基因的表达倍数变化。
介绍到这里,我们再来简单聊聊怎么去实现。
是它,就是它:enrichplot!
没想到吧?还是这个R包,就是这么强大!它内置了各式各样的函数,简直快要把生信天下的图一网打尽。上述的热图就涉及到其中的一个函数:heatplot。
好家伙!敢情热图的“热”是“heat”翻译而来的?
当然了,三要素(通路、基因和差异表达倍数)肯定少不了,把这三要素变成二进制的矩阵关系即可出图。至于美化的功能,你想要的,它都有。
二、图解
纵坐标:表示功能富集通路;
横坐标:表示通路中的基因;
渐变颜色柱:通路中存在的基因则会显示颜色柱,渐变颜色表示基因的表达倍数变化。
三、应用
显然,根据富集分析热图的内涵,转录组、蛋白质组和代谢组等研究数据的应用自然不在话下。
好啦!今天的介绍就到这里,感兴趣的朋友们可以去试试。
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